| 查看: 3410 | 回复: 19 | |||
czb002金虫 (正式写手)
|
[交流]
【分享】phylip软件进化树构建使用说明 已有16人参与
|
||
|
1. 打开ClustalX软件（对序列进行比对），点击“文件”→“载入序列”；点击“比对” →“输出格式选项” →“phylip格式”前打勾；点击“比对” →“完全比对”；比对完成后，关闭程序，并将生成的带.phy后缀的文件拷贝至phylip软件包的“exe”文件夹下。 2. 打开seqboot软件，按照路径输入所拷贝的“.phy”文件，回车 3. 输入“r”，回车→输入1000，回车→输入“y”，回车→输入“5”，回车→出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序，完成seqboot（上图中的J选项代表评估方法，默认为bootstrap法进行评估，可更改选项；R选项默认多少次，输入1000表示共进行1000次的republicate）。自动生成文件“outfile”，可用记事本打开。 4. 将刚刚生成的outfile文件更名为infile1，打开dnadist软件（采用邻位相连算法构建进化树，如采用其他算法，则用其他软件），按照路径输入文件名infile1，回车 5. 输入t，回车→输入20，回车→输入m，回车→输入d，回车→输入1000，回车→输入y，回车→等待……等待……等待……时间长度视序列多寡长短及重复数多寡而不等，直到出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序（D选项为距离模式，默认为F84；T选项为点突变的“转换/颠换比率”，通常在15～30之间；M选项采用和原来一样的重复数；输入d，采用data sets）。自动生成文件outfile。 6. 将outfile重命名为infile2，打开neighnor软件（采用邻位算法），按照路径输入infile2，回车 7. 输入选项m，回车→输入1000，回车→输入奇数5，回车→输入y，回车→等待……一定时间后出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序。生成两个文件outfile和outtree。Outfile是分析结果的输出报告，可用记事本打开，outtree可用treeview打开。 8. 将outfile更名为outfile1，outtree文件更名为intree1，打开consense软件，按照路径输入intree1，回车 9. 输入y，回车→等待……一定时间后出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序。生成两个新文件outfile和outtree。Outtree就是最终结果，可用treeview软件打开观看 |
回复此楼» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有14人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有10人回复
-
我不理解！
已经有13人回复
-
2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战
已经有9人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有25人回复
-
2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？
已经有28人回复
-
能否退出参与的面上项目解除限项
已经有26人回复
-
出来了
已经有9人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有28人回复
-
哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 大家使用哪些免费软件建立模型呢？
已经有11人回复
- 使用diamond软件出现的一个小问题，知道得哥哥姐姐们帮帮忙看看哈
已经有12人回复
- 大家都使用什么软件处理Raman数据啊？
已经有51人回复
- 细菌多样性，构建系统进化树中如何选择outgroup？急！！！！！！！
已经有15人回复
- 有木有适合win7系统的PHYLIP软件啊
已经有4人回复
- 蛋白进化树构建的序列选择原则
已经有6人回复
- 这样的进化树用什么软件制作?
已经有6人回复
- 【求助】进化树的构建到底有什么意义呢？
已经有12人回复
- 【原创】原创之七：【图文】系统进化树的构建及编辑【已搜索无重复】
已经有377人回复
- 【求助】请教生物信息学方面的专家，一个进化树构建的问题？
已经有10人回复
- 【交流】MEGA构建进化树史上最难的问题求助，必有金币酬谢
已经有8人回复
- 【求助/交流】系统进化树的构建
已经有12人回复
- 【求助/交流】有关MEGA构建进化树
已经有9人回复
- 【求助/交流】16s 构建进化树
已经有8人回复
- 【求助/交流】有没有会用PHYLIP做进化树的交流一下？
已经有10人回复
czb002
金虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1960.8
- 散金: 502
- 红花: 2
- 帖子: 634
- 在线: 174.5小时
- 虫号: 642589
- 注册: 2008-11-01
- 专业: 生物化学
|
The software is available free over the Internet, and written to work on as many different kinds of computer systems as possible. The site is: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/general.html. You can download it easily. |
10楼2010-12-15 12:28:34
jinhx87
至尊木虫 (知名作家)
- 应助: 48 (小学生)
- 金币: 28184.7
- 红花: 6
- 帖子: 6691
- 在线: 1213.2小时
- 虫号: 81315
- 注册: 2005-07-19
- 专业: 微生物遗传育种学
2楼2010-10-27 07:01:08
aloon111
金虫 (正式写手)
- 应助: 59 (初中生)
- 金币: 1076.3
- 散金: 81
- 红花: 22
- 帖子: 403
- 在线: 77.3小时
- 虫号: 1125061
- 注册: 2010-10-17
- 性别: GG
- 专业: 微生物资源与分类学
3楼2010-10-27 13:44:44
leizhenzi
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 4300.3
- 帖子: 484
- 在线: 76.9小时
- 虫号: 339815
- 注册: 2007-04-07
- 专业: 微生物生理与生物化学
4楼2010-10-27 13:56:42
zhenpengchen
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 916.3
- 红花: 1
- 帖子: 144
- 在线: 65.3小时
- 虫号: 1077514
- 注册: 2010-08-19
- 专业: 分子与进化生态学
5楼2010-10-27 15:14:40
1949stone
荣誉版主 (知名作家)
海纳百川
- 应助: 95 (初中生)
- 贵宾: 2.38
- 金币: 2506.2
- 散金: 3394
- 红花: 177
- 沙发: 8
- 帖子: 9863
- 在线: 2695.5小时
- 虫号: 765987
- 注册: 2009-05-08
- 性别: GG
- 专业: 药物分析
- 管辖: 分子生物
6楼2010-10-27 15:25:29
aloon111
金虫 (正式写手)
- 应助: 59 (初中生)
- 金币: 1076.3
- 散金: 81
- 红花: 22
- 帖子: 403
- 在线: 77.3小时
- 虫号: 1125061
- 注册: 2010-10-17
- 性别: GG
- 专业: 微生物资源与分类学
7楼2010-10-28 09:43:25
aloon111
金虫 (正式写手)
- 应助: 59 (初中生)
- 金币: 1076.3
- 散金: 81
- 红花: 22
- 帖子: 403
- 在线: 77.3小时
- 虫号: 1125061
- 注册: 2010-10-17
- 性别: GG
- 专业: 微生物资源与分类学
8楼2010-10-28 10:19:35
雪剑57689
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 451.7
- 散金: 10
- 帖子: 68
- 在线: 20.4小时
- 虫号: 1084753
- 注册: 2010-08-30
- 性别: GG
- 专业: 植物病理学
9楼2010-10-30 21:34:11
投票:
28