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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】关于共价结合做对接的问题
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lvjuanhuhu

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【讨论】关于共价结合做对接的问题已有4人参与

个人现在正在做对接研究，体系是通过共价键与活性位点结合，主要研究共价键以外的基团，考虑用surflex-dock做，但是这个软件仅仅局限于非共价结合，希望高手出出主意。
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1楼2010-10-26 11:23:39
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-26 18:45:47
既然共价键了，那就是“分子内对接”咯
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2楼2010-10-26 13:22:44
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lvjuanhuhu

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-10-26 13:22:44:
既然共价键了，那就是“分子内对接”咯

还请指点一二，主要对接前一样要准备小分子和大分子，具体按照什么思路呢
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3楼2010-10-26 18:32:50
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windness

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
共价键？ 貌似没什么软件可以处理这种化学反应的问题的；
唯一可行的是采用QM/MM方法进行处理。
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4楼2010-10-29 21:17:57
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jerrywang19

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我也在做涉及共价结合的对接，请问楼主最后怎么解决的呢？
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5楼2013-10-14 20:54:57
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