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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】关于序列分析
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coffee424907

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】关于序列分析

请教：我有一些感兴趣的序列（大约几十条），想跟特定物种的EST和核酸序列比对（大概有1万多条信息），有什么合适的软件或方法？

答“silicare:1万条是自己的还是在线数据库的”：
      是在线数据库的，就在NCBI里

[ Last edited by coffee424907 on 2010-10-20 at 14:58 ]
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1楼 2010-10-20 11:19:41
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silicare

荣誉版主 (文坛精英)

合伙创业版兼职版主

优秀版主
coffee424907(金币+3):多谢支持 2010-10-23 09:43:02
那就是BLAST了
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2楼2010-10-21 11:12:58
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lxjwishes

银虫 (正式写手)
coffee424907(金币+3):多谢支持 2010-10-23 09:43:10
clustal X
Mega
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pleasemywings,flymeaway.
3楼2010-10-21 11:21:55
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coffee424907

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by lxjwishes at 2010-10-21 11:21:55:
clustal X
Mega

我用Clustal X做了，貌似有点慢呢，1万多条序列的数据量大吗? 我一台配置不错的机器已经转了2、3天了，还没转出结果来
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4楼2010-10-23 09:41:39
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coffee424907

木虫 (著名写手)
silicare:编辑内容 2010-10-23 10:21
silicare:编辑内容 2010-10-23 10:21
引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-10-21 11:12:58:
那就是BLAST了

BLAST可以限定只在某一物种上的序列进行吗？

[ Last edited by silicare on 2010-10-23 at 10:21 ]
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5楼2010-10-23 09:42:42
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silicare

荣誉版主 (文坛精英)

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优秀版主
好多都可以的
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6楼2010-10-23 10:22:03
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快乐常在

金虫 (小有名气)
网站很多，ncbi，ebi
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7楼2010-10-23 14:26:27
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
你在 ncbi 在线blast  选好库。。。一会儿就弄好了
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8楼2010-10-23 19:19:57
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coffee424907

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yixuanwin at 2010-10-23 19:19:57:
你在 ncbi 在线blast  选好库。。。一会儿就弄好了

那我想搜的目标物种没有现成的库，该怎么办？

我目前的做法是自己下了目标物种的所有序列，和感兴趣的序列拼成一个文件，再做聚类分析，不过很慢很慢，都几天了还没出来结果，不知道正常不？
赞一下 回复此楼
9楼2010-10-24 11:44:00
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
★
dhd997(金币+1):鼓励交流。 2010-10-24 15:53:21
coffee424907(金币+1):多谢支持 2010-10-24 23:53:51
引用回帖:
Originally posted by coffee424907 at 2010-10-24 11:44:00:


那我想搜的目标物种没有现成的库，该怎么办？

我目前的做法是自己下了目标物种的所有序列，和感兴趣的序列拼成一个文件，再做聚类分析，不过很慢很慢，都几天了还没出来结果，不知道正常不？

你要做聚类，序列多一点，普通电脑运算一个月是很正常的。

所以先要做好准备工作
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10楼2010-10-24 15:22:11
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