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coffee424907

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】关于序列分析

请教:我有一些感兴趣的序列(大约几十条),想跟特定物种的EST和核酸序列比对(大概有1万多条信息),有什么合适的软件或方法?

答“silicare:1万条是自己的还是在线数据库的”:
      是在线数据库的,就在NCBI里

[ Last edited by coffee424907 on 2010-10-20 at 14:58 ]
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)


dhd997(金币+1):鼓励交流。 2010-10-24 15:53:21
coffee424907(金币+1):多谢支持 2010-10-24 23:53:51
引用回帖:
Originally posted by coffee424907 at 2010-10-24 11:44:00:


那我想搜的目标物种没有现成的库,该怎么办?

我目前的做法是自己下了目标物种的所有序列,和感兴趣的序列拼成一个文件,再做聚类分析,不过很慢很慢,都几天了还没出来结果,不知道正常不?

你要做聚类,序列多一点,普通电脑运算一个月是很正常的。

所以先要做好准备工作
10楼2010-10-24 15:22:11
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lxjwishes

银虫 (正式写手)

coffee424907(金币+3):多谢支持 2010-10-23 09:43:10
clustal X
Mega
pleasemywings,flymeaway.
3楼2010-10-21 11:21:55
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coffee424907

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by lxjwishes at 2010-10-21 11:21:55:
clustal X
Mega

我用Clustal X做了,貌似有点慢呢,1万多条序列的数据量大吗? 我一台配置不错的机器已经转了2、3天了,还没转出结果来
4楼2010-10-23 09:41:39
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coffee424907

木虫 (著名写手)

silicare:编辑内容 2010-10-23 10:21
silicare:编辑内容 2010-10-23 10:21
引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-10-21 11:12:58:
那就是BLAST了

BLAST可以限定只在某一物种上的序列进行吗?

[ Last edited by silicare on 2010-10-23 at 10:21 ]
5楼2010-10-23 09:42:42
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