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chemzhh

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】关于如何优化大体系的问题已有4人参与

大家看如下优化大体系的想法如何
1先用小基组对体系做一个优化,然后将其结果作为初始结构用大基组再次优化。这样做可行吗?能不能节省计算时间?我有点担心小基组计算的结果有时候会不会误入歧途,用作初始结构给大基组计算反而得不到真正的结果
2用小基组优化真实体系,或者用大基组优化简化后的体系(例如用PMe3代替PPh3),或者对真实体系用ONIOM处理,这三者哪一种要好一些。我也觉得这个问题可能不能一概而论,想听一下大家的意见。
谢谢
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2010-10-19 18:14:45:
1 一般来说可行,也可以同时结合低级别理论方法,这种理念在高精度热力学组合方法中的优化步也有所体现。但对某些体系,低级别模型下无法哪怕定性地正确描述其结构特点(比如色散作用主导的构象),此时预优化是徒 ...

ONIOM也经常被质疑,对于100原子左右的中等体系,用混合基组貌似要比ONIOM划算的多。
简化模型时确实要注意各种情况,但是基本上能起到很好的抓住本质的作用。

[ Last edited by manson1998 on 2010-10-19 at 18:36 ]
惺惺相惜情不自禁
7楼2010-10-19 18:29:27
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人

★ ★ ★ ★
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erylingjet(金币+3):感谢交流! 2010-10-19 19:49:38
引用回帖:
Originally posted by chemzhh at 2010-10-18 18:09:12:
大家看如下优化大体系的想法如何
1先用小基组对体系做一个优化,然后将其结果作为初始结构用大基组再次优化。这样做可行吗?能不能节省计算时间?我有点担心小基组计算的结果有时候会不会误入歧途,用作初始结构 ...

如果你的机器够牛,就用全模型来做,计算方法只要能得到合理的结果就可以,不需要过高级别。
如果你的机器一般,建议你用简化模型来做,oniom省不了太多时间,并且说服力不够,还会遇到一些奇奇怪怪的问题。
最主要的还是idea。你随便翻翻前些年的jpcc jacs om,它们计算的方法或者说模型都很简单,但是人家提出了新的机理或者说新的概念。即使你再用超大基组,完整模型重复一下实验,得到了一些新的结果,也是借花献佛,失去了竞争力。
做paper第一是idea,第二是速度。

[ Last edited by manson1998 on 2010-10-18 at 18:26 ]
惺惺相惜情不自禁
2楼2010-10-18 18:20:02
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chemzhh

至尊木虫 (著名写手)

谢谢manson的回答。那么第一个问题有没有意义,期待回答,谢谢
3楼2010-10-18 19:47:03
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zhengpc3505

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-10-18 18:20:02:


       如果你的机器够牛,就用全模型来做,计算方法只要能得到合理的结果就可以,不需要过高级别。
如果你的机器一般,建议你用简化模型来做,oniom省不了太多时间,并且说服力不够,还会遇到一些奇奇怪怪的 ...

很有感触!!!
4楼2010-10-19 00:37:17
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