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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【讨论】关于如何优化大体系的问题
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chemzhh

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】关于如何优化大体系的问题已有4人参与

大家看如下优化大体系的想法如何
1先用小基组对体系做一个优化，然后将其结果作为初始结构用大基组再次优化。这样做可行吗？能不能节省计算时间？我有点担心小基组计算的结果有时候会不会误入歧途，用作初始结构给大基组计算反而得不到真正的结果
2用小基组优化真实体系，或者用大基组优化简化后的体系(例如用PMe3代替PPh3)，或者对真实体系用ONIOM处理，这三者哪一种要好一些。我也觉得这个问题可能不能一概而论，想听一下大家的意见。
谢谢
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1楼2010-10-18 18:09:12
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★ ★ ★ ★
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erylingjet(金币+3):感谢交流！ 2010-10-19 19:49:38
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Originally posted by chemzhh at 2010-10-18 18:09:12:
大家看如下优化大体系的想法如何
1先用小基组对体系做一个优化，然后将其结果作为初始结构用大基组再次优化。这样做可行吗？能不能节省计算时间？我有点担心小基组计算的结果有时候会不会误入歧途，用作初始结构 ...

如果你的机器够牛，就用全模型来做，计算方法只要能得到合理的结果就可以，不需要过高级别。
如果你的机器一般，建议你用简化模型来做，oniom省不了太多时间，并且说服力不够，还会遇到一些奇奇怪怪的问题。
最主要的还是idea。你随便翻翻前些年的jpcc jacs om，它们计算的方法或者说模型都很简单，但是人家提出了新的机理或者说新的概念。即使你再用超大基组，完整模型重复一下实验，得到了一些新的结果，也是借花献佛，失去了竞争力。
做paper第一是idea，第二是速度。

[ Last edited by manson1998 on 2010-10-18 at 18:26 ]
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惺惺相惜情不自禁
2楼2010-10-18 18:20:02
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
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Originally posted by manson1998 at 2010-10-18 18:20:02:


       如果你的机器够牛，就用全模型来做，计算方法只要能得到合理的结果就可以，不需要过高级别。
如果你的机器一般，建议你用简化模型来做，oniom省不了太多时间，并且说服力不够，还会遇到一些奇奇怪怪的 ...

根据我的经验 只要方法不要差别太大，小基组与大基组得到的几何结构差别很小，只是在相对能量上差距较大。
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惺惺相惜情不自禁
5楼2010-10-19 09:09:38
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
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Originally posted by sobereva at 2010-10-19 18:14:45:
1 一般来说可行，也可以同时结合低级别理论方法，这种理念在高精度热力学组合方法中的优化步也有所体现。但对某些体系，低级别模型下无法哪怕定性地正确描述其结构特点（比如色散作用主导的构象），此时预优化是徒 ...

ONIOM也经常被质疑，对于100原子左右的中等体系，用混合基组貌似要比ONIOM划算的多。
简化模型时确实要注意各种情况，但是基本上能起到很好的抓住本质的作用。

[ Last edited by manson1998 on 2010-10-19 at 18:36 ]
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7楼2010-10-19 18:29:27
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
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Originally posted by chemzhh at 2010-10-19 21:04:32:
谢谢sobereva对这两个问题透彻的回答，我又联想到一个相关的问题。
用晶体结构的数据作为初始结构或在其基础上进行修改作为初始结构，是一个好方法吗，当然前提是有类似的晶体结构。
另外文献中经常有报道将计 ...

一般计算结果与实验值的比较能够证明你的计算方法是否适用你所研究的体系，如果结果能很好的与实验值相符，那么你的计算结论才有一定的说服力。对于一个陌生的体系，我觉得最好从晶体结构出发作为计算的根据，将计算结果与晶体结构相比较来验证。
过渡态对结构的要求很精确，不过先用小基组计算可以比较快速的了解过渡态的基本构型，防止无谓的用大基组浪费时间。但是要注意分子内的各特征相互作用，就像S说的防止徒劳的预判。
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惺惺相惜情不自禁
10楼2010-10-20 09:07:02
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