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银虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】热不对称PCR的问题,回帖就送金币!!多谢帮忙回答的,帮顶的!! 已有12人参与

首先,热不对称PCR的好处是什么?它主要用来扩已知序列的旁侧基因,然后通过
一步步提高退火温度,最后达到P出一条带的目的。这样理解对吗?

其次,我现在做启动子的染色体步移,加了接头后。试剂盒也是推荐用热不对称PCR。但这时我知道我的接头序列,又知道我的已知序列,完全可以用普通PCR扩嘛。这样想对吗?

还有,不太理解接头引物AP和特异性引物GSP之间在片段长度和退火上的差异。试剂盒上的:AP1:22个碱基 51度退火 AP2:19, 57度 。而建议我的GSP:25~28个碱基, 退火和GC和AP差不多。为什么碱基数差那么多?

最后,2步法PCR(94度,64度)和3步法(94,退火,72度)有什么区别?好处是?

大家一起来讨论下这四个问题吧!!多谢了~~~谢谢!!!!
回帖就有金币,每人可领5次!!
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带刀猎人

新虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
silicare(金币+2):谢谢参与 2010-10-18 11:46:52
楼上的太不厚道了,我说一下我的想法,呵呵
第一,你所说的热不对称PCR实际上是TOUCHDOWN  PCR的逆过程,这是在模板量较少或这是引物与模板亲和力较弱时使用的,目的是前面低温退火经过低特异性的扩增获得大量的模板,在提高退火温度,进行特异性高的扩增,或得目的产物。
第二,普通PCR由于没有中间的基因特异性引物,这样就导致上下游引物之间的距离很长,也就是PCR的产物片段太长,从而使PCR得保真度降低,效率降低。所以在普通PCR的上下游引物之间加上GSP缩短的产物长度。
第三,解释不清楚,可以查一下Tm值除了GC含量外,还有其他的影响因素没。
第四,两步法PCR节约了时间,同时提高了退火温度,增加了特异性。
以上仅为个人己见,有不妥之处,望各为虫友指正,见谅。谢谢!
38楼2010-10-18 11:28:09
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带刀猎人

新虫 (小有名气)

抱歉,我只看了第一页的帖子,以为后面没有跟帖,上贴中的“楼上的”仅指第一页的虫友,呵呵
39楼2010-10-18 11:29:54
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