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gleerat

木虫 (正式写手)

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[交流] 【求助成功】晶格优化的结果很诡异已有4人参与

我用侯柱峰在《VASP使用指南入门》中的“复杂的情况，以六角结构Mg的晶格常数为例”做的结构优化，不论我取值范围是多少，计算得到的能量在我取值范围内都是单调增的（所以每一次更换取值范围时，用murn得到的“平衡体积”对应的晶格轴参数都不一样）。我用的run_cell文件：

引用回帖:

#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 11.314 11.414 11. 514 11.614 11.714 11.814 11.914 12.014
do
cat > POSCAR < System = CaFe2As2 afm-opt
  1.0000000000000000
$i 0.0000000000000000 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 5.4501999999999997 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 0.0000000000000000 5.5061999999999998
4 8 8
Direct
  0.0000000000000000 -0.0000000000000000 -0.0000000000000000
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000 -0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000  0.5000000000000000 -0.0000000000000000
  0.2500000000000000  0.2500000000000000  0.2500000000000000
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  0.7500000000000000  0.2500000000000000  0.7500000000000000
  0.2500000000000000  0.7500000000000000  0.7500000000000000
  0.7500000000000000  0.7500000000000000  0.7500000000000000
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  0.8608571367508423  0.5000000000000000  0.0000000000000000
  0.6391428632491577 -0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.6391428632491577  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.1391428632491576  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.1391428632491576  0.5000000000000000  0.0000000000000000
!
cp INCAR.relax INCAR ; cp KPOINTS.relax KPOINTS
echo "c= $i Full Relaxtion"
/home/software/openmpi-1.2.2-intel9/bin/mpirun -np 4 /home/bin/vasp.openmpi
cp OUTCAR OUTCAR.relax ; cp OSZICAR OSZICAR.relax
cp CONTCAR POSCAR ; cp INCAR.static INCAR ; cp KPOINTS.static KPOINTS
echo "c= $i Static Selfconsistent"
/home/software/openmpi-1.2.2-intel9/bin/mpirun -np 4 /home/bin/vasp.openmpi
cp OSZICAR OSZICAR.static ; cp OUTCAR OUTCAR.static
cp INCAR.nsc INCAR ; cp KPOINTS.nsc KPOINTS
echo "c= $i Non-Selfconsistent"
/home/software/openmpi-1.2.2-intel9/bin/mpirun -np 4 /home/bin/vasp.openmpi
cp OUTCAR "c=$i_OUTCAR"
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'`
V=`grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n", $5 }'`
echo $i $V $E >>EtVo.dat
echo $i $E >>murn.in
done

这是INCAR.relaxtion：

引用回帖:

System = CaFe2As2 afm1-opt
PREC = Accurate
ISPIN = 2
MAGMOM = 4*0 3 3 -3 -3 3 -3 -3 3 8*0
ISMEAR = 1
SIGMA = 0.20
ISTART = 0
EDIFF = 1E-5
EDIFFG = -1E-3
ICHARG = 2
ENCUT = 300
NSW = 60
IBRION = 2
ISIF = 5
POTIM = 0.2
LORBIT = 11

LREAL = Auto
LPLANE = .TRUE.
LSCALU = .FALSE.
NPAR = 4
NSIM = 4

我用ISIF=3做的自由驰豫得到的结果也是不一样的。（由于使用的原本就是实验值，所以ISIF=3貌似还是比较接近的，晶胞的三个轴没有变化，只是原子位置稍有变化）

引用回帖:

System = CaFe2As2 afm-opt
1.00000000000000
11.6639999999999997 0.0000000000000000 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 5.4501999999999997 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 0.0000000000000000 5.5061999999999998
4 8 8
Direct
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000
  0.2500000000000000  0.2500000000000000  0.2500000000000000
  0.7500000000000000  0.7500000000000000  0.2500000000000000
  0.7500000000000000  0.2500000000000000  0.7500000000000000
  0.2500000000000000  0.7500000000000000  0.7500000000000000
  0.7500000000000000  0.7500000000000000  0.7500000000000000
  0.7500000000000000  0.2500000000000000  0.2500000000000000
  0.2500000000000000  0.7500000000000000  0.2500000000000000
  0.2500000000000000  0.2500000000000000  0.7500000000000000
  0.3542866275378103  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.3542866275378103  0.5000000000000000  0.5000000000000000
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  0.1457133724621897  0.5000000000000000  0.0000000000000000

但是侯本人在http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2299924说：

引用回帖:

弄这个run_cell的东西，主要是为了得到E-V曲线，然后通过状态方程拟合得到平衡体积和体弹性模量。如果你只想得到平衡体积以及相应的晶格常数和原子位置，直接ISIF=3做fully optimization就可以了。

用run_cell做的优化应该跟ISIF的结果是一样的，但是我的结果明显不一样，请大家帮忙分析一下原因。

[ Last edited by gleerat on 2010-11-13 at 13:05 ]

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明察、慎思、笃行

1楼2010-10-04 11:09:34

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

gleerat

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引用回帖:

Originally posted by valenhou001 at 2010-10-05 22:06:37:
你计算的体系，晶格常数有三个变量(a,b,c，即它们是不等的),另外还有原子的位置需要优化。因此为了得到状态曲线，需采用ISIF=4对一系列体积点进行固定体积的变原胞形状以及原子位置的优化。因此做run_cell脚本里面 ...

ISIF=3能得到合理的结果么？我改变了POSCAR中的a值，做的结果都是a、b、c的值保持原值，只有原子位置略有变化。这是我做测试的一个POSCAR：

引用回帖:

System = CaFe2As2 afm
1.00
11.563  0.0000  0.0000
0.0000  5.5012  0.0000
0.0000  0.0000  5.48
4 8 8
Fractional
0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000
0.0000000000000000 0.5000000000000000 0.5000000000000000
0.5000000000000000 0.0000000000000001 0.5000000000000001
0.5000000000000000 0.5000000000000001 0.0000000000000001
0.2500000000000000 0.2500000000000001 0.2500000000000001 #3,1
0.7499999999999999 0.7500000000000002 0.2500000000000002 #3,6
0.7499999999999999 0.2500000000000001 0.7500000000000001 #3,7
0.2500000000000000 0.7500000000000000 0.7500000000000000 #3,4
0.7499999999999999 0.7500000000000002 0.7500000000000001 #-3,8
0.7499999999999999 0.2500000000000001 0.2500000000000001 #-3,5
0.2500000000000000 0.7500000000000000 0.2500000000000001 #-3,2
0.2500000000000000 0.2500000000000001 0.7500000000000000 #-3,3
0.3664500117301940 0.0000000000000000 0.0000000000000000
0.3664500117301940 0.5000000000000001 0.5000000000000001
0.8664500117301941 0.0000000000000001 0.5000000000000001
0.8664500117301941 0.5000000000000001 0.0000000000000001
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0.6335499882698059 0.5000000000000001 0.5000000000000001
0.1335499882698059 0.0000000000000000 0.5000000000000000
0.1335499882698059 0.5000000000000000 0.0000000000000000

这是INCAR.relaxtion：

引用回帖:

System = CaFe2As2 afm1－opt
PREC = Accurate
ISPIN = 2
MAGMOM = 4*0 3 3 -3 -3 3 -3 -3 3 8*0
ISMEAR = 1
SIGMA = 0.20
ISTART = 0
EDIFF = 1E-5
EDIFFG = -1E-3
ICHARG = 2
ENCUT = 300
NSW = 60
IBRION = 2
ISIF ＝ 3 #Full Relaxtion
POTIM ＝ 0.2
LORBIT ＝ 11

LSCALAPACK = .FALSE.
LREAL = Auto
LPLANE ＝ .TRUE.
LSCALU ＝ .FALSE.
NPAR ＝ 1
NSIM ＝ 4

这是优化的结果CONTCAR：

引用回帖:

System = CaFe2As2 afm
1.00000000000000
11.5630000000000006 0.0000000000000000 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 5.5011999999999999 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 0.0000000000000000 5.4800000000000004
4 8 8
Direct
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000
  0.2500000000000000  0.2500000000000000  0.2500000000000000
  0.7500000000000000  0.7500000000000000  0.2500000000000000
  0.7500000000000000  0.2500000000000000  0.7500000000000000
  0.2500000000000000  0.7500000000000000  0.7500000000000000
  0.7500000000000000  0.7500000000000000  0.7500000000000000
  0.7500000000000000  0.2500000000000000  0.2500000000000000
  0.2500000000000000  0.7500000000000000  0.2500000000000000
  0.2500000000000000  0.2500000000000000  0.7500000000000000
  0.3544797128719251  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.3544797128719251  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.8544797128719251  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.8544797128719251  0.5000000000000000  0.0000000000000000
  0.6455202871280749  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.6455202871280749  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.1455202871280748  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.1455202871280748  0.5000000000000000  0.0000000000000000

  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00

在我修改了a=5.45后得到的CONTCAR为：

引用回帖:

System = CaFe2As2 afm
1.00000000000000
11.5630000000000006 0.0000000000000000 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 5.5011999999999999 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 0.0000000000000000 5.4500000000000002
4 8 8
Direct
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000
  0.2500000000000000  0.2500000000000000  0.2500000000000000
  0.7500000000000000  0.7500000000000000  0.2500000000000000
  0.7500000000000000  0.2500000000000000  0.7500000000000000
  0.2500000000000000  0.7500000000000000  0.7500000000000000
  0.7500000000000000  0.7500000000000000  0.7500000000000000
  0.7500000000000000  0.2500000000000000  0.2500000000000000
  0.2500000000000000  0.7500000000000000  0.2500000000000000
  0.2500000000000000  0.2500000000000000  0.7500000000000000
  0.3549154449954010  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.3549154449954010  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.8549154449954010  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.8549154449954010  0.5000000000000000  0.0000000000000000
  0.6450845550045990  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.6450845550045990  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.1450845550045991  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.1450845550045991  0.5000000000000000  0.0000000000000000

  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00

而实际上a、b、c的实验值分别为：5.5102、5.4502、11.6637

[ Last edited by gleerat on 2010-10-5 at 22:59 ]

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9楼2010-10-05 22:55:17

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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

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★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zxzj05(金币+1):奖励回帖交流，谢谢！ 2010-10-04 22:03:49

两种方式得到的结果不能完全一样，存在很小且可忽略的差别是可以理解和接受的。

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2楼2010-10-04 18:17:48

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valenhou001

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★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bingmou(金币+1):感谢指出！ 2010-10-05 10:15:13

引用回帖:

Originally posted by gleerat at 2010-10-04 11:09:34:
我用侯柱峰在《VASP使用指南入门》中的“复杂的情况，以六角结构Mg的晶格常数为例”做的结构优化，不论我取值范围是多少，计算得到的能量在我取值范围内都是单调增的（所以每一次更换取值范围时，用murn得到的“平 ...

很明显你的INCAR.relaxation中的设置有问题，里面设置的只是做总能的计算(也就是静态计算)，没有设置任何与结构优化相关的参数。

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3楼2010-10-04 18:20:33

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gleerat

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ym23(金币+1):欢迎常来交流 2010-10-12 09:28:03

引用回帖:

Originally posted by valenhou001 at 2010-10-04 18:20:33:

很明显你的INCAR.relaxation中的设置有问题，里面设置的只是做总能的计算(也就是静态计算)，没有设置任何与结构优化相关的参数。

不好意思，我把INCAR.static当成INCAR.relaxtion贴过来了。原文我已经改过来了

引用回帖:

我基本上是直接复制您的内容做的输入文件，我把我做结构优化的文件放在纳米盘中了，如果您有疑问可以看看。谢谢http://d.namipan.com/d/e829bc715 ... 9260a993315b2030300

[ Last edited by gleerat on 2010-10-4 at 19:22 ]

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4楼2010-10-04 19:05:42

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