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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】侯老师的vasp入门的晶格优化部分没看懂，问一下
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magiczerg

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】侯老师的vasp入门的晶格优化部分没看懂，问一下

复杂的情况,以六角结构Mg的晶格常数为例
1.先进行一次体积保持不变的粒子驰豫的计算（ISIF=5）
2再把优化得到的CONTCAR拷贝成POSCAR，进行一次静态的计算
3对a的值取10个左右的点，每个点重复上面两步，得到静态计算下volume-Etot的关系。
这三部的脚步可以通过以下脚步run_cell来进行，内容如下：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in   5.20  5.23  5.26  5.29 5.32 5.35 5.38  5.41 5.44  5.47
do
cat > POSCAR << !
ureadopef
$i
0                      -1                0
0.8660254        0.5              0
0                      0               1.6230530
2
Direct
0.666666667  0.333333333    0.75
0.333333333  0.666666667    0.25
!
cp INCAR.relax INCAR
echo "a=$i angestrom"; mpiexec -np 8 vasp
cp CONTCAR POSCAR
cp INCAR.static INCAR
echo "a= $i angstrom ";mpiexec -np 8 vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf  "%12.6f \n", $5}'`
V=`grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n", $5}'`
echo $V $E >>EtVo.dat
done
4.采用状态方程拟合得到的平衡态下的体积，体弹性模量。
5.在该体积下，重复上面第2步和第3步，得到平衡状态下的其他晶胞参数。这一步也就是：在的到了E(V)曲线后，通过状态方程拟合得到平衡状态下的体积，计算出上面脚本中变量$i的值（弱弱的问一句，晶胞形状都改变了，怎么算a的值啊？就算还是按六角结构来算，a和c的关系不知道，怎么算啊，还是按照初始时a/c的比值来算吗？
（$i
0                      -1                0
0.8660254        0.5              0
0                      0               1.6230530））
并改变$i的循环值，再运行run_cell计算一次，得到其他的结构参数c和位置u。
（弱弱的再问：改变$i的循环值不还是在算a吗？算a和算c有什么区别吗？另外算位置u是不是固定晶胞形状和体积只改变原子位置就行了，改一下INCAR就可以了，没必要在运行runcell了吧？）

[ Last edited by magiczerg on 2010-8-14 at 20:19 ]
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1楼2010-08-14 20:14:33
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
qasd(金币+2):谢谢 2010-08-16 19:51:27
magiczerg(金币+10):谢谢参与，我算的系统分子比较大。用ISIF=3不太合适。我只想确认一下a的值是不是取平衡体积下对应的$i啊？然后用平衡体积和啊算出c值？不知道我的理解对不？ 2010-08-17 08:56:47
引用回帖:
Originally posted by magiczerg at 2010-08-14 20:14:33:
复杂的情况,以六角结构Mg的晶格常数为例
1.先进行一次体积保持不变的粒子驰豫的计算（ISIF=5）
2再把优化得到的CONTCAR拷贝成POSCAR，进行一次静态的计算
3对a的值取10个左右的点，每个点重复上面两步，得到静 ...

弄这个run_cell的东西，主要是为了得到E-V曲线，然后通过状态方程拟合得到平衡体积和体弹性模量。如果你只想得到平衡体积以及相应的晶格常数和原子位置，直接ISIF=3做fully optimization就可以了。
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7楼2010-08-16 18:11:45
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lono75

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
magiczerg(金币+2):谢谢交流 2010-08-14 21:38:20
zzy870720z(金币+2):谢谢指教 2010-08-14 21:40:24
magiczerg(金币+1):侯老师的教程里：“改变原胞的形状，也就是调整原胞中的c/a和b/a的值”，你这里是如何保持保持c/a不变的啊？ 2010-08-14 21:45:16
通过设定V不变,驰豫原子位置及形状(c/a)->平衡位置
在做$i循环时,固定住c/a,(平衡位置的基矢是保持不变)
此时i循环,->改变V(c,a相应改变,但c/a不变),->TOTEN
拟合E-V曲线,
找到E最小时的V,->确定c,a(平衡位置晶格参数)
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由天命,成人事！
2楼2010-08-14 20:49:35
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jghe

金虫 (著名写手)
★ ★
magiczerg(金币+3):谢谢参与 2010-08-15 08:16:06
qasd(金币+2):谢谢 2010-08-15 08:57:44
我觉得
1）保持V不变（改变形状和离子位置），不同的V对应于不同的E --〉得到E-V曲线，确定平衡时的V0
2）在平衡体积V0下，改变$i（当然c/a值要变了），找到平衡晶格常数
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3楼2010-08-14 21:45:50
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magiczerg

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by jghe at 2010-08-14 21:45:50:
我觉得
1）保持V不变（改变形状和离子位置），不同的V对应于不同的E --〉得到E-V曲线，确定平衡时的V0
2）在平衡体积V0下，改变$i（当然c/a值要变了），找到平衡晶格常数

能不能更详细一点啊。
随便举个例子假如是一个四方晶系，未优化前a=b=5A  c=4A
POSCAR为
example
1
5   0  0
0   5  0
0   0  4
2
Direct
0       0       0
0.25  0.5  0.5
1.经过优化后，根据E-V曲线，发现V=110(A**3)能量最低。那此时V0=110（A**3)
2.在V0下改变$i,如何写POSCAR才能保证体积是V0啊？runcell中写POSCAR这一段如何实现啊？$i的范围是怎么确定的,能不能以此为例说明一下啊，谢谢

[ Last edited by magiczerg on 2010-8-15 at 08:26 ]
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4楼2010-08-15 08:24:43
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gleerat

木虫 (正式写手)
magiczerg(金币+1):谢谢参与 2010-08-27 21:14:48
magiczerg(金币+1): 2010-08-27 21:15:47
引用回帖:
Originally posted by jghe at 2010-08-14 21:45:50:
我觉得
1）保持V不变（改变形状和离子位置），不同的V对应于不同的E --〉得到E-V曲线，确定平衡时的V0
2）在平衡体积V0下，改变$i（当然c/a值要变了），找到平衡晶格常数

请问：“在平衡体积V0下，改变$i”，将体积固定在平衡体积需要在INCAR中设置么？还是说只需要把平衡体积对应的晶格参数（比如说此时的a轴），代入POSCAR中然后改变$i进行晶格的其他参数的优化？

[ Last edited by gleerat on 2010-8-26 at 21:41 ]
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明察、慎思、笃行
9楼2010-08-26 21:37:35
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
14楼: Originally posted by valenhou001 at 2013-12-27 09:36:02
vasp只能算振动频率，其他的比如平动和转动频率不能计算。

计算频率的方法有两种，一种是直接的，基于finite dispacement，另外一种是基于密度泛函微扰论(或线性响应的方法)。
对于第一种很简单。看一下手册的 ...

valenhou001您好,首先谢谢您的帮助，我按您所说的，计算了H2O的频率，而我的目的是计算零点能校正。
（1）图中这9个频率应该都算是振动频率吧，对于单个分子计算的话，为什么会出现f/i呢，而且还这么大？怎么把它消除呢？
（2）还有一个问题就是我要做零点能校正的话，按E=1/2hv公式，把所有频率的能量相加，大约就是0.7eV，按理说，零点能校正的话，不会是这么大的值，也就是0.02eV，是不是这中计算方法有误呢？
（3）我如果要对气态分子吸附态进行零点能校正的话，比如H2O在Cu上的吸附，要计算频率，我是不是应该把H2O和Cu的第一层原子弛豫，把所有的频率的能量相加，就算是零点能呢？是不是应该把Cu原子弛豫的频率去掉，只加H2O的频率呢，但是那样的话，我根本就不能从所有的频率中区分H2O和Cu的频率啊？
最近甚是苦恼啊，还望您能指点迷津，期待您的回复，在此，万分感谢。。。
【求助】侯老师的vasp入门的晶格优化部分没看懂，问一下
3.3.jpg
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慢慢的思考。。。
15楼2014-01-01 21:02:31
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普通回帖

jghe

金虫 (著名写手)
★
magiczerg(金币+3):谢谢，这个啊是V0对应的$i吗？ 2010-08-15 12:31:03
zzy870720z(金币+1):谢谢补充 2010-08-27 08:08:34
这个你子计算吧，c=V0/(a*b), c的范围可以参考Vo对应的值
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5楼2010-08-15 09:35:02
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hcdd1986

铜虫 (小有名气)
magiczerg(金币+2):谢谢参与 2010-08-16 17:47:32
哦？ 我用CASTEP的不用这个，不过依然顶一个
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6楼2010-08-16 17:38:23
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yzl19880814

至尊木虫 (知名作家)
magiczerg(金币+2):谢谢参与 2010-08-17 08:57:18
不难的 啊
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细节决定成败
8楼2010-08-16 18:55:21
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wuli8

荣誉版主 (知名作家)

…………

优秀版主优秀版主
magiczerg(金币+2): 2010-08-27 21:15:55
引用回帖:
Originally posted by magiczerg at 2010-08-14 20:14:33:
复杂的情况,以六角结构Mg的晶格常数为例
1.先进行一次体积保持不变的粒子驰豫的计算（ISIF=5）
2再把优化得到的CONTCAR拷贝成POSCAR，进行一次静态的计算
3对a的值取10个左右的点，每个点重复上面两步，得到静 ...

7楼的就是侯老师本人。
他回答了你的问题
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…………
10楼2010-08-27 13:23:02
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