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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】计算吸附能
汕头大学海洋科学接受调剂
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zhaojy008

金虫 (小有名气)

彩色风

[交流] 【求助】计算吸附能

利用CASPET程度优化晶体结构以计算吸附能。计算吸附能的一般公式为：E=Ecomplex-(Esurface+Ereagent)，Ecomplex吸附络合模型能量，Esurface为被吸附表面模型能量，Ereagent吸附剂模型能量，前两者可以在程序中结构优化后得到，而后者为单个分子，如何得到它的能量，请教各位大师。
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彩色风
1楼 2010-09-22 17:58:30
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hgye

金虫 (小有名气)
★ ★
zhaojy008(金币+1):谢谢参与
zhaojy008(金币+1): 2010-09-22 18:36:23
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-09-22 23:35:07
建立一个足够大的cell，如10x11x12，把分子放里边算就可以得到能量。
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2楼2010-09-22 18:32:38
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★ ★
zhaojy008(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1):谢谢指点 2010-09-22 23:35:26
最好是放在你的complex相同大小的盒子里面进行计算，这样可以避免一些系统误差
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3楼2010-09-22 21:29:18
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hgye

金虫 (小有名气)
★
zxzj05(金币+1):谢谢参与 2010-09-23 10:58:07
引用回帖:
Originally posted by goldenfisher at 2010-09-22 21:29:18:
最好是放在你的complex相同大小的盒子里面进行计算，这样可以避免一些系统误差

如果周期单元的表面积很小，这样算就会引入了紧邻分子和分子之间的相互作用，所得能量就不是一个自由分子的能量
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4楼2010-09-23 10:19:47
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by hgye at 2010-09-23 10:19:47:

如果周期单元的表面积很小，这样算就会引入了紧邻分子和分子之间的相互作用，所得能量就不是一个自由分子的能量

如果周期结构的体积太小，你计算的同样不是单分子的吸附。
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5楼2010-09-23 23:35:02
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xmzhang86

木虫 (著名写手)
★
zhaojy008(金币+1):谢谢参与
正在做  很受启发
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6楼2010-09-23 23:51:32
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hgye

金虫 (小有名气)
★
zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-09-24 11:48:33
引用回帖:
Originally posted by goldenfisher at 2010-09-23 23:35:02:


如果周期结构的体积太小，你计算的同样不是单分子的吸附。

吸附当然存在覆盖度的问题，但不管覆盖度是多少，算吸附能时减去的分子能量必须是独立自由分子的能量，不能包含近邻相互作用，不同的覆盖度要保持一致，用同一个值。按你的算法，随着覆盖度不同用不同的cell算分子能量，值肯定有所变化。
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7楼2010-09-24 09:14:05
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feass2

金虫 (小有名气)
★ ★
zhaojy008(金币+1):谢谢参与
zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-09-24 11:48:41
引用回帖:
Originally posted by goldenfisher at 2010-09-22 21:29:18:
最好是放在你的complex相同大小的盒子里面进行计算，这样可以避免一些系统误差

单纯计算吸附能（结合能），一般是将单个原子（分子）"放在1nm立方晶格内计算”，可以说绝大部分文献都是这么做的。如果计算形变能，反应能，可参考这个帖子：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1704823
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8楼2010-09-24 10:39:24
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9443minmin

禁虫 (小有名气)
★
zhaojy008(金币+1): 谢谢参与
本帖内容被屏蔽
9楼2018-11-28 20:35:07
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yanbodr
★
zhaojy008(金币+1): 谢谢参与


发自小木虫Android客户端
10楼2018-11-28 22:25:55
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