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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】如何通过序列对比分析预测一个基因的功能
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yghboy168

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】如何通过序列对比分析预测一个基因的功能 已有4人参与

请精通生物信息学的大侠指教，如何系统的通过生物信息学分析预测和注解基因功能。我只是知道BLAST（BLASTP和BLASTN哪个准确？），对于clustal也不太会用，系统进化树对基因的注解很重要吗？
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眼内有尘三界窄，心头无事一床宽！
1楼 2010-09-20 10:49:00
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
一般是通过比对domain或者发现domain来预测功能的
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3楼2010-09-24 14:30:04
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cfind

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+2):感谢交流，欢迎常来~ 2010-09-24 14:19:57
BLASTN是指用核苷酸序列搜索相似的核苷酸序列。BLASTP是指用蛋白序列搜索相似的蛋白序列。我们一般都用BLASTN，当BLASTN找不到满意的结果是，可以试试BLASTP。系统进化树只是说明该基因在进化过程中的位置，只能说明其序列的相似性位于什么位置，对于其功能的进化位置不怎么靠谱。因为在不同物种中，相似的序列可能发挥不一样的功能。以上只是个人意见，仅供参考。可以多看看相关文章是怎样定义一个基因的。
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like it or lump it!
2楼2010-09-24 13:06:51
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yuanbo934

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
在Find conserved domains in your sequence (cds) 找保守区域，估计功能。最好做个表达来验证，
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4楼2010-09-25 10:33:26
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