| 查看: 2243 | 回复: 7 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
azengjuan铁虫 (小有名气)
|
[交流]
【讨论】含有配位键的金属原子在gaussian中如何计算单点能
|
||
大家好，我想用gaussian计算一个含ligand的蛋白体系的单点能，ligand的部分如图： ，ligand和蛋白之间存在化学键，有谁知道我该怎么处理，谢谢 |
回复此楼» 猜你喜欢
基金正文30页指的是报告正文还是整个申请书
已经有9人回复
-
哈尔滨工业大学（深圳）绿色化学团队招收2026年秋季入学博士生
已经有11人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有93人回复
-
澳大利亚昆士兰科技大学PhD博士奖学金
已经有0人回复
-
【211博士招生】环境化学、地学、毒理方向，擅长污染物迁移转化降解、计算模拟者优先
已经有17人回复
-
求助如何利用vasp计算磁光克尔效应
已经有1人回复
-
070300总分298求调剂
已经有2人回复
-
一志愿厦门大学化学学硕307求调剂
已经有10人回复
-
理论与计算化学方向调剂——初试388分（数学144）
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Gaussian几何优化后的键长不合理
已经有41人回复
- 求高斯计算中配位键如何画
已经有3人回复
- 【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧
已经有105人回复
- 【求助】在Gaussianview中过渡金属形成的配位键如何表示，就用系统里的单键表示吗？
已经有9人回复
- 【分享】学习小结，高手不必进啊
已经有7人回复
- 【sobereva个人文集】电子定域性的图形分析
已经有56人回复
- 【求助】金属配合物
已经有3人回复
- 【求助】前线轨道研究反应选择性的问题
已经有24人回复
azengjuan(金币+5): 2010-09-15 09:33:45
| 看你关注的核心结构是什么。oniom可以进行分子力学/量子力学的混合计算。也就是对体系的不重要的部分(外层)采用低级别的计算方法(如分子力学MM),对体系的重要的部分(内层)采用高级别的计算方法(当然也可以分为三层，内中外)。这样可以大大减小计算量。 对于你的体系，建议你将ligand、蛋白的活性部位以及ligand和蛋白相连的部位化作内层用量化的方法计算(DFT/B3LYP),其他部分作外层用MM方法。必要的话可以尝试优化一下得到合理结构的单点能。 ONIOM的方法在gaussian里有，具体说明可参看手册。 |
4楼2010-09-14 10:03:49
azengjuan
铁虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 650.5
- 散金: 106
- 帖子: 65
- 在线: 78.7小时
- 虫号: 1058464
- 注册: 2010-07-15
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2010-09-14 09:54:06
azengjuan
铁虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 650.5
- 散金: 106
- 帖子: 65
- 在线: 78.7小时
- 虫号: 1058464
- 注册: 2010-07-15
- 专业: 生物大分子结构与功能
5楼2010-09-15 09:35:19
小丁0912
金虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1443.1
- 散金: 343
- 红花: 5
- 沙发: 1
- 帖子: 362
- 在线: 144.3小时
- 虫号: 1074893
- 注册: 2010-08-15
- 专业: 高分子合成化学
6楼2010-09-17 18:54:29
