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azengjuan铁虫 (小有名气)
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[交流]
【讨论】含有配位键的金属原子在gaussian中如何计算单点能
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大家好，我想用gaussian计算一个含ligand的蛋白体系的单点能，ligand的部分如图： ，ligand和蛋白之间存在化学键，有谁知道我该怎么处理，谢谢 |
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azengjuan
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3楼2010-09-14 09:54:06
azengjuan(金币+5): 2010-09-15 09:33:45
| 看你关注的核心结构是什么。oniom可以进行分子力学/量子力学的混合计算。也就是对体系的不重要的部分(外层)采用低级别的计算方法(如分子力学MM),对体系的重要的部分(内层)采用高级别的计算方法(当然也可以分为三层，内中外)。这样可以大大减小计算量。 对于你的体系，建议你将ligand、蛋白的活性部位以及ligand和蛋白相连的部位化作内层用量化的方法计算(DFT/B3LYP),其他部分作外层用MM方法。必要的话可以尝试优化一下得到合理结构的单点能。 ONIOM的方法在gaussian里有，具体说明可参看手册。 |
4楼2010-09-14 10:03:49
azengjuan
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5楼2010-09-15 09:35:19
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6楼2010-09-17 18:54:29