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lct515

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[交流] 【求助/交流】有关NCBI数据库！已有3人参与

我想考察铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）是否能够分泌脂肪酶（Triacylglycerol lipase E C3.1.1.3），也想知道它是否还能分泌其他种类的酶，有人告诉我可以在NCBI中查找铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）的基因片段，看其是否有编码脂肪酶的基因，但我不知道该如何操作，请高手指点！

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1楼 2010-09-11 16:58:36

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lct515

新虫 (著名写手)

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2楼2010-09-13 11:28:30

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cnlics

木虫 (小有名气)

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

方法有几种，第一种：除支原体等特殊细菌外，细菌基因组一般3M bp左右，含有3000个左右的基因，数据量不大。可以先下载基因组，将数据导入excel中，然后按照关键词enzyme找，可能会有hypothsized enzyme，需要自己进一步判断。这种方法可以找到全部想要的序列，还有超出需要的序列。

第二种，在NCBI中利用Entrez查询系统利用关键词lipase去找铜绿假单胞菌。这种方法会遗漏一些酶。

第三种，随便找个lipse序列，通过blast分析，结果中会出现你要的结果。这种方法会发现第二种方法中遗漏的酶，但总体结果会比第二种方法少很多。