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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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songxing0417

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】CIF中是否少这一项

请各位高手帮忙看一下，我看晶体学报E模板最后有这样一项：
loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_site_symmetry_A
_geom_hbond_publ_flag
O H1O Cl  0.833(10) 2.306(14) 3.114(2) 163(3) 2_566 y
N H1C Cl  0.873(10) 2.756(18) 3.560(3) 154(3) 1_565 y
N H1D Cl  0.869(10) 2.574(13) 3.422(3) 165(3) 2_566 y
但我的CIF文件中没有这一项，这是关于氢键的吗？按说我的应该有氢键啊，结构式如下：，这是什么原因呢，请高手指点，谢谢了！
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1楼 2010-09-06 10:17:09
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phoeby_ice

金虫 (小有名气)
★
nash603(金币+1):谢谢回贴交流！ 2010-09-06 11:52:03
songxing0417(金币+1): 2010-09-06 14:39:56
用platon查看氢键，在pubcif里再把氢键数据加进去
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2楼2010-09-06 11:26:33
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songxing0417

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by phoeby_ice at 2010-09-06 11:26:33:
用platon查看氢键，在pubcif里再把氢键数据加进去

您好，我得到的是下面的，请问直接复制进去吗，还有有的东西不需要复制啊，前面的数字标号要写吗，还有[    ARU  ] 要写吗，麻烦您了，谢谢！
Nr Typ Res Donor --- H....Acceptor [    ARU  ]      D - H      H...A      D...A  D - H...A    A..H..A* A'..H..A" Sum(XY,YZ)  Sum(XZ)
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
1       1 N(1)  --H(1A)  ..O(2)   [  1455.01]       0.86       2.11     2.9388        163
2       1 N(1)  --H(1B)  ..O(3)   [  2564.01]       0.86       2.17     3.0264        175
3       1 N(2)  --H(2C)  ..O(4)   [  2564.02]       0.86       2.54     3.1672        131
4       1 N(2)  --H(2D)  ..O(1)   [  3565.01]       0.86       2.09     2.8918        155
         1 N(3)  --H(3A)  .. ?                       0.86
5       1 N(3)  --H(3B)  ..O(4)   [  4555.02]       0.86       2.15     2.9452        153
6       2 O(4)  --H(4C)  ..O(2)   [  2565.01]       0.82       1.97     2.7546        160

7       1 C(2)  --H(2A)  ..O(2)   [  2565.01]       0.97       2.54     3.4287        152
8 Intra 1 C(6)  --H(6A)  ..N(3)   [         ]       0.98       2.50     2.8938        104
9 Intra 1 C(13) --H(13A) ..O(2)   [         ]       0.98       2.34     2.8455        111
10 Intra 1 C(14) --H(14A) ..O(1)   [         ]       0.98       2.37     2.8704        111
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3楼2010-09-06 14:39:44
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phoeby_ice

金虫 (小有名气)
songxing0417(金币+1): 2010-09-06 15:56:29
引用回帖:
Originally posted by songxing0417 at 2010-09-06 14:39:44:

您好，我得到的是下面的，请问直接复制进去吗，还有有的东西不需要复制啊，前面的数字标号要写吗，还有[    ARU  ] 要写吗，麻烦您了，谢谢！
Nr Typ Res Donor --- H....Acceptor [    ARU  ]      D - H     ...

我没能直接复制进去，是这么做的...
在右边窗口点右键，选择table wizard，里面选择氢键
然后对应把数据一个一个输入进去
ARU对应的是symmetry，写在symmetry A那栏，如2656写成2_656就好
填完add to cif，ok！
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4楼2010-09-06 15:37:05
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songxing0417

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by phoeby_ice at 2010-09-06 15:37:05:


我没能直接复制进去，是这么做的...
在右边窗口点右键，选择table wizard，里面选择氢键
然后对应把数据一个一个输入进去
ARU对应的是symmetry，写在symmetry A那栏，如2656写成2_656就好
填完add to cif ...

不好意思，还要麻烦您，你看最上面那个模板中都有不确定性，小括号中的数字，我的里面没有，还是我不会找啊，我没写，结果一大堆A类错误，请问一下这个在哪里找啊，还是可以自己随便写啊？谢谢了！
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5楼2010-09-06 15:58:24
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phoeby_ice

金虫 (小有名气)
songxing0417(金币+1): 2010-09-08 07:50:35
我觉得最好别随便写……
数据的问题是不是和精修有关....向大牛求助下吧
这些我就不懂了.........sorry
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6楼2010-09-06 16:05:03
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