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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】VMD显示振动光谱
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piaoma

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】VMD显示振动光谱

请问：在VMD的菜单extension---analysis下有两个选项分别为IR spectral density calculator 和RamanChandran plot。应该是计算红外和拉曼光谱的，不知道怎么用？哪位能介绍下吗？我载入分子后，直接点击，报错。
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1楼 2010-09-05 15:12:18
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piaoma

木虫 (小有名气)
1）请问不同温度下，跑完MD后，IR的结果会有差异吗？我个人认为应该有，因为不同温度下，分子的受力不一样，键的伸缩也会有所差异，从而导致IR图的差异。不知我的理解对否？
2）请版主可否把参数设置过程再说得详细一些？似乎在菜单那儿还要做一些设置？
非常感谢！
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3楼2010-09-25 11:04:41
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-09-05 18:11:25
piaoma(金币+10): 2010-09-05 21:31:08
IR spectral density calculator是红外, 载入轨迹, 设置好参数就行了
RamanChandran plot 是拉氏图, 描述蛋白结构合理性了,不是光谱
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2楼2010-09-05 15:57:29
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-09-25 12:12:12
piaoma(金币+10): 2010-09-25 14:41:28
不同温度的IR 图理论是应该是一样的, 只是峰宽有些差异
键的振动主要来源于键伸缩, 而在MD 的模拟中, 这个作用处理成了谐势
运行时候的参数主要是些和轨迹相关的设置, 看懂各个意思就会的
只是需要注意的是, 轨迹中应该有原子电荷信息, 因为IR spec 是靠偶极矩计算的

IR 光谱, 或是说原子振动是一个量子效应
个人认为MD 得到IR 曲线本身就有问题的
但我没有详细对比计算的可信度
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4楼2010-09-25 11:22:00
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