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piaoma

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[交流] 【求助】VMD显示振动光谱

请问：在VMD的菜单extension---analysis下有两个选项分别为IR spectral density calculator 和RamanChandran plot。应该是计算红外和拉曼光谱的，不知道怎么用？哪位能介绍下吗？我载入分子后，直接点击，报错。

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1楼2010-09-05 15:12:18

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bay__gulf

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lei0736(金币+3):谢谢 2010-09-05 18:11:25
piaoma(金币+10): 2010-09-05 21:31:08

IR spectral density calculator是红外, 载入轨迹, 设置好参数就行了
RamanChandran plot 是拉氏图, 描述蛋白结构合理性了,不是光谱

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2楼2010-09-05 15:57:29

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bay__gulf

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zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-09-25 12:12:12
piaoma(金币+10): 2010-09-25 14:41:28

不同温度的IR 图理论是应该是一样的, 只是峰宽有些差异
键的振动主要来源于键伸缩, 而在MD 的模拟中, 这个作用处理成了谐势
运行时候的参数主要是些和轨迹相关的设置, 看懂各个意思就会的
只是需要注意的是, 轨迹中应该有原子电荷信息, 因为IR spec 是靠偶极矩计算的

IR 光谱, 或是说原子振动是一个量子效应
个人认为MD 得到IR 曲线本身就有问题的
但我没有详细对比计算的可信度

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4楼2010-09-25 11:22:00

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