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pitty595

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】如何生成.phy比对文件 已有3人参与

我一般都用在线的clusterw比对,选择输出为phylip文件可以生成.phy文件,但是序列多时(>500条DNA序列)clusterw运行不出来,请问有其他软件或者办法能比对大的文件(超过1000条序列)生成.phy吗?急求!谢谢!
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
不知道bioedit可不可以……不过,大于1000条就不行了?是不是机器的问题啊……
2楼2010-08-14 18:16:54
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ottolzm

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
用Phylip 软件试试 应该可以 只不过运行时间比较长  呵呵
3楼2010-08-15 07:58:59
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pitty595

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by ottolzm at 2010-08-15 07:58:59:
用Phylip 软件试试 应该可以 只不过运行时间比较长  呵呵

phylip是个软件包啊?里面具体是那个软件程序?
4楼2010-08-15 22:05:18
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ottolzm

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
用dnacomp试试  这是个做dna分子序列的 如果不行 就用单机版本的 clusterw 2.03 试试
下载地址:   
   ftp-igbmc.u-strasbg.fr
    ftp.embl-heidelberg.de
    ftp.ebi.ac.uk
我最多做过50条DNA 序列的比对,至于1000条的 我还没见过,只是软件介绍说有这个功能 你可以尝试一下
5楼2010-08-15 22:31:54
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