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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】如何生成.phy比对文件
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pitty595

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】如何生成.phy比对文件 已有3人参与

我一般都用在线的clusterw比对，选择输出为phylip文件可以生成.phy文件，但是序列多时（>500条DNA序列）clusterw运行不出来，请问有其他软件或者办法能比对大的文件（超过1000条序列）生成.phy吗？急求！谢谢！
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1楼 2010-08-14 14:03:51
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★
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不知道bioedit可不可以……不过，大于1000条就不行了？是不是机器的问题啊……
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2楼2010-08-14 18:16:54
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ottolzm

木虫 (正式写手)
★
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用Phylip 软件试试 应该可以 只不过运行时间比较长  呵呵
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3楼2010-08-15 07:58:59
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pitty595

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ottolzm at 2010-08-15 07:58:59:
用Phylip 软件试试 应该可以 只不过运行时间比较长  呵呵

phylip是个软件包啊？里面具体是那个软件程序？
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4楼2010-08-15 22:05:18
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ottolzm

木虫 (正式写手)
★
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用dnacomp试试  这是个做dna分子序列的 如果不行 就用单机版本的 clusterw 2.03 试试
下载地址：   
   ftp-igbmc.u-strasbg.fr
    ftp.embl-heidelberg.de
    ftp.ebi.ac.uk
我最多做过50条DNA 序列的比对，至于1000条的 我还没见过，只是软件介绍说有这个功能 你可以尝试一下
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5楼2010-08-15 22:31:54
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