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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 【求助/交流】请教高手核酸序列的位置问题
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飞扬886

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】请教高手核酸序列的位置问题 已有4人参与

请问哪位知道怎样用生物信息学方法确定一段核酸序列在整个基因中的位置，请高手指教，谢谢啦
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1楼 2010-07-20 15:51:38
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飞扬886

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2010-07-20 16:50:34:
去NCBI上面BLAST，网址为
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome

比对 ...

谢谢，我也大概知道这种方法，但是blast出来结果后，再找出相关的基因，比query序列还短，我就不知道怎么回事了
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4楼2010-07-20 17:05:32
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liouwzh

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+1):正解 2010-07-20 16:51:06
一般的方法是可以在NCBI通过同源比对，确定位置。
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2楼2010-07-20 16:49:09
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★ ★
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1949stone(金币+1):谢谢交流 2010-07-20 16:50:59
去NCBI上面BLAST，网址为
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome

比对后，在结果里面找到相关的基因组的那条信息，定位！
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3楼2010-07-20 16:50:34
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 飞扬886 at 2010-07-20 17:05:32:


谢谢，我也大概知道这种方法，但是blast出来结果后，再找出相关的基因，比query序列还短，我就不知道怎么回事了

你是想知道你的基因大概的位置，如果不想做实验的话，就可能通过比对，看结果了，有些比对结果序列比你的序列还要短，有可能是相关的序列，网上的资源太少了，别人只是测了一小断，上传到genbank里面，如果相似度很高的话，一般还是可以相信的，你可以看看和你序列最相近的那条序列在基因组里哪个位置啊，是干什么用的，还有，如果你的序列是编码蛋白的话，还可以用NCBI 的ORF FINDER 得到蛋白序列再比，这些都是依据genbank里面的资源，如果不多就没办法了……
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5楼2010-07-20 17:24:02
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