24小时热门版块排行榜    

查看: 1564  |  回复: 14

ken2000e

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Tinker 速度文件 已有3人参与

各位老大,我想看下Tinker得到的有关原子速度的文件是什么样的,看了两天手册还是没整明白啊,只好求助各位了,谁能告诉我方法或者直接给我有关原子速度的文件就更好了,先谢谢了。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ken2000e

银虫 (小有名气)

哪位老大,帮帮忙啊,多谢了!
2楼2010-07-14 06:46:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ken2000e

银虫 (小有名气)

没人知道??!!
3楼2010-07-19 08:28:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yzhhlq_1983

木虫 (正式写手)

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-22 11:01:45
ken2000e(金币+10): 2010-07-22 12:14:13
在你的*.key文件中加入save-velocity关键词,你就能够得到*.vel文件,那就是体系中原子速度文件
4楼2010-07-22 10:37:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ken2000e

银虫 (小有名气)

我Windows下的编译好的执行文件,去执行Tests里的例子,用gda运行Cluster这个例子,但是在*.key文件中加入save-velocity关键词,并没有得到*.vel文件啊,是不是gda这个程序就不能用save-velocity关键词? 再请教下,怎么解决?多谢了
5楼2010-07-22 12:17:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yzhhlq_1983

木虫 (正式写手)

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-22 16:40:57
ken2000e(金币+10): 2010-07-22 23:25:19
用dynamics.exe
6楼2010-07-22 15:43:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ken2000e

银虫 (小有名气)

我用dynamics.exe 测试了下Tests里的dhfr例子,在Key里加了save-velocity关键词,怎么没有文件输出呢?楼上的能不能提供给我个速度文件呢,或者给我个简单的例子,多谢了。这些天弄这个真是要命啊。
7楼2010-07-22 23:25:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yzhhlq_1983

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
ken2000e(金币+10): 2010-07-23 10:51:03
雪狼乖乖(金币+5):谢谢 2010-07-23 23:38:29
引用回帖:
Originally posted by ken2000e at 2010-07-22 23:25:10:
我用dynamics.exe 测试了下Tests里的dhfr例子,在Key里加了save-velocity关键词,怎么没有文件输出呢?楼上的能不能提供给我个速度文件呢,或者给我个简单的例子,多谢了。这些天弄这个真是要命啊。

12  
     1  CT3    0.262029D+01    0.149266D+01   -0.382078D+01
     2  C      0.996981D+00    0.379800D+01   -0.538067D+01
     3  NH1   -0.295344D+01    0.424441D-01    0.322636D+00
     4  CT3    0.600637D+01   -0.199041D+01   -0.201979D+01
     5  O     -0.743224D+01    0.639766D+01    0.138358D+01
     6  HA     0.173613D+01    0.367747D+01    0.180435D+02
     7  HA    -0.286980D+01    0.176521D+02    0.220348D+02
     8  HA    -0.116399D+01   -0.133408D+02    0.671972D+01
     9  H     -0.215998D+02    0.370360D+01   -0.551342D+00
    10  HA    -0.223319D+02    0.623712D+01    0.756902D+01
    11  HA     0.943981D+01   -0.629096D+01   -0.232701D+01
    12  HA    -0.134840D+02   -0.996478D+01    0.224331D+02

这个就是速度文件*.vel的内容,虽然tinker相比其他的模拟软件比较好学,但是还是需要多多花心思的.我还是建议,不是模拟计算组的人不要盲目学习,因为这个不是那么好上手的.(如果你不懂原理的话).还是用用MS等商业软件,界面操作容易点

[ Last edited by yzhhlq_1983 on 2010-7-23 at 10:22 ]
8楼2010-07-23 10:20:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ken2000e

银虫 (小有名气)

yzhhlq_1983 ,你好,真是很感谢你的帮助,其实我想用Tinker里的Correlate这个程序算自相关,我可以用其他软件得到速度,之后转化成Tinker默认的文件形式,用Correlate这个程序,现在我用你给的这个速度文件做成两个速度文件,但是运行Correlate这个程序没有什么结果输出呢?不知道你用过这个程序没,能否给点建议,毕竟你熟悉Tinker,多谢了。
9楼2010-07-23 10:55:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

上书房行走

铁虫 (小有名气)


雪狼乖乖(金币+1):谢谢 2010-07-23 23:38:45
引用回帖:
Originally posted by ken2000e at 2010-07-23 10:55:07:
yzhhlq_1983 ,你好,真是很感谢你的帮助,其实我想用Tinker里的Correlate这个程序算自相关,我可以用其他软件得到速度,之后转化成Tinker默认的文件形式,用Correlate这个程序,现在我用你给的这个速度文件做成两 ...

yzhhlp_1983是tinker高手中的高手 the best of the best
能自由 修改tinker软件
楼主有这方便问题找他 算是找对人了!
10楼2010-07-23 14:35:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ken2000e 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +16 羊腰板 2026-08-21 17/850 2026-08-23 23:02 by tianxiaochun
[基金申请] 让我中一个面上吧! +12 大萍1987 2026-08-20 15/750 2026-08-23 20:44 by 大萍1987
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[基金申请] 什么时候开奖? +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 炎黄贵胄 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见