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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】Tinker 速度文件
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ken2000e

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Tinker 速度文件已有3人参与

各位老大，我想看下Tinker得到的有关原子速度的文件是什么样的，看了两天手册还是没整明白啊，只好求助各位了，谁能告诉我方法或者直接给我有关原子速度的文件就更好了，先谢谢了。
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1楼2010-07-13 05:59:17
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ken2000e

银虫 (小有名气)
哪位老大，帮帮忙啊，多谢了！
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2楼2010-07-14 06:46:28
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ken2000e

银虫 (小有名气)
没人知道？？！！
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3楼2010-07-19 08:28:56
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yzhhlq_1983

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-22 11:01:45
ken2000e(金币+10): 2010-07-22 12:14:13
在你的*.key文件中加入save-velocity关键词,你就能够得到*.vel文件,那就是体系中原子速度文件
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4楼2010-07-22 10:37:30
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ken2000e

银虫 (小有名气)
我Windows下的编译好的执行文件，去执行Tests里的例子，用gda运行Cluster这个例子，但是在*.key文件中加入save-velocity关键词，并没有得到*.vel文件啊，是不是gda这个程序就不能用save-velocity关键词？ 再请教下，怎么解决？多谢了
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5楼2010-07-22 12:17:20
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yzhhlq_1983

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-22 16:40:57
ken2000e(金币+10): 2010-07-22 23:25:19
用dynamics.exe
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6楼2010-07-22 15:43:49
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ken2000e

银虫 (小有名气)
我用dynamics.exe 测试了下Tests里的dhfr例子，在Key里加了save-velocity关键词，怎么没有文件输出呢？楼上的能不能提供给我个速度文件呢，或者给我个简单的例子，多谢了。这些天弄这个真是要命啊。
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7楼2010-07-22 23:25:10
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yzhhlq_1983

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
ken2000e(金币+10): 2010-07-23 10:51:03
雪狼乖乖(金币+5):谢谢 2010-07-23 23:38:29
引用回帖:
Originally posted by ken2000e at 2010-07-22 23:25:10:
我用dynamics.exe 测试了下Tests里的dhfr例子，在Key里加了save-velocity关键词，怎么没有文件输出呢？楼上的能不能提供给我个速度文件呢，或者给我个简单的例子，多谢了。这些天弄这个真是要命啊。

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     1  CT3    0.262029D+01    0.149266D+01   -0.382078D+01
     2  C      0.996981D+00    0.379800D+01   -0.538067D+01
     3  NH1   -0.295344D+01    0.424441D-01    0.322636D+00
     4  CT3    0.600637D+01   -0.199041D+01   -0.201979D+01
     5  O     -0.743224D+01    0.639766D+01    0.138358D+01
     6  HA     0.173613D+01    0.367747D+01    0.180435D+02
     7  HA    -0.286980D+01    0.176521D+02    0.220348D+02
     8  HA    -0.116399D+01   -0.133408D+02    0.671972D+01
     9  H     -0.215998D+02    0.370360D+01   -0.551342D+00
    10  HA    -0.223319D+02    0.623712D+01    0.756902D+01
    11  HA     0.943981D+01   -0.629096D+01   -0.232701D+01
    12  HA    -0.134840D+02   -0.996478D+01    0.224331D+02

这个就是速度文件*.vel的内容,虽然tinker相比其他的模拟软件比较好学,但是还是需要多多花心思的.我还是建议,不是模拟计算组的人不要盲目学习,因为这个不是那么好上手的.(如果你不懂原理的话).还是用用MS等商业软件,界面操作容易点

[ Last edited by yzhhlq_1983 on 2010-7-23 at 10:22 ]
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8楼2010-07-23 10:20:47
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ken2000e

银虫 (小有名气)
yzhhlq_1983 ,你好，真是很感谢你的帮助，其实我想用Tinker里的Correlate这个程序算自相关，我可以用其他软件得到速度，之后转化成Tinker默认的文件形式，用Correlate这个程序，现在我用你给的这个速度文件做成两个速度文件，但是运行Correlate这个程序没有什么结果输出呢？不知道你用过这个程序没，能否给点建议，毕竟你熟悉Tinker，多谢了。
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9楼2010-07-23 10:55:07
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上书房行走

铁虫 (小有名气)
★
雪狼乖乖(金币+1):谢谢 2010-07-23 23:38:45
引用回帖:
Originally posted by ken2000e at 2010-07-23 10:55:07:
yzhhlq_1983 ,你好，真是很感谢你的帮助，其实我想用Tinker里的Correlate这个程序算自相关，我可以用其他软件得到速度，之后转化成Tinker默认的文件形式，用Correlate这个程序，现在我用你给的这个速度文件做成两 ...

yzhhlp_1983是tinker高手中的高手 the best of the best
能自由 修改tinker软件
楼主有这方便问题找他 算是找对人了！
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10楼2010-07-23 14:35:15
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