应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】Tinker 速度文件
151/2返回列表12下一页
查看: 939  |  回复: 14
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 ken2000e 的 20 个金币

ken2000e

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Tinker 速度文件已有3人参与

各位老大，我想看下Tinker得到的有关原子速度的文件是什么样的，看了两天手册还是没整明白啊，只好求助各位了，谁能告诉我方法或者直接给我有关原子速度的文件就更好了，先谢谢了。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2010-07-13 05:59:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ken2000e

银虫 (小有名气)
哪位老大，帮帮忙啊，多谢了！
赞一下 回复此楼
2楼2010-07-14 06:46:28
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ken2000e

银虫 (小有名气)
没人知道？？！！
回复此楼
3楼2010-07-19 08:28:56
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yzhhlq_1983

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-22 11:01:45
ken2000e(金币+10): 2010-07-22 12:14:13
在你的*.key文件中加入save-velocity关键词,你就能够得到*.vel文件,那就是体系中原子速度文件
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-07-22 10:37:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ken2000e

银虫 (小有名气)
我Windows下的编译好的执行文件，去执行Tests里的例子，用gda运行Cluster这个例子，但是在*.key文件中加入save-velocity关键词，并没有得到*.vel文件啊，是不是gda这个程序就不能用save-velocity关键词？ 再请教下，怎么解决？多谢了
赞一下 回复此楼
5楼2010-07-22 12:17:20
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yzhhlq_1983

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-22 16:40:57
ken2000e(金币+10): 2010-07-22 23:25:19
用dynamics.exe
回复此楼
6楼2010-07-22 15:43:49
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ken2000e

银虫 (小有名气)
我用dynamics.exe 测试了下Tests里的dhfr例子，在Key里加了save-velocity关键词，怎么没有文件输出呢？楼上的能不能提供给我个速度文件呢，或者给我个简单的例子，多谢了。这些天弄这个真是要命啊。
赞一下 回复此楼
7楼2010-07-22 23:25:10
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yzhhlq_1983

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
ken2000e(金币+10): 2010-07-23 10:51:03
雪狼乖乖(金币+5):谢谢 2010-07-23 23:38:29
引用回帖:
Originally posted by ken2000e at 2010-07-22 23:25:10:
我用dynamics.exe 测试了下Tests里的dhfr例子，在Key里加了save-velocity关键词，怎么没有文件输出呢？楼上的能不能提供给我个速度文件呢，或者给我个简单的例子，多谢了。这些天弄这个真是要命啊。

12  
     1  CT3    0.262029D+01    0.149266D+01   -0.382078D+01
     2  C      0.996981D+00    0.379800D+01   -0.538067D+01
     3  NH1   -0.295344D+01    0.424441D-01    0.322636D+00
     4  CT3    0.600637D+01   -0.199041D+01   -0.201979D+01
     5  O     -0.743224D+01    0.639766D+01    0.138358D+01
     6  HA     0.173613D+01    0.367747D+01    0.180435D+02
     7  HA    -0.286980D+01    0.176521D+02    0.220348D+02
     8  HA    -0.116399D+01   -0.133408D+02    0.671972D+01
     9  H     -0.215998D+02    0.370360D+01   -0.551342D+00
    10  HA    -0.223319D+02    0.623712D+01    0.756902D+01
    11  HA     0.943981D+01   -0.629096D+01   -0.232701D+01
    12  HA    -0.134840D+02   -0.996478D+01    0.224331D+02

这个就是速度文件*.vel的内容,虽然tinker相比其他的模拟软件比较好学,但是还是需要多多花心思的.我还是建议,不是模拟计算组的人不要盲目学习,因为这个不是那么好上手的.(如果你不懂原理的话).还是用用MS等商业软件,界面操作容易点

[ Last edited by yzhhlq_1983 on 2010-7-23 at 10:22 ]
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2010-07-23 10:20:47
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ken2000e

银虫 (小有名气)
yzhhlq_1983 ,你好，真是很感谢你的帮助，其实我想用Tinker里的Correlate这个程序算自相关，我可以用其他软件得到速度，之后转化成Tinker默认的文件形式，用Correlate这个程序，现在我用你给的这个速度文件做成两个速度文件，但是运行Correlate这个程序没有什么结果输出呢？不知道你用过这个程序没，能否给点建议，毕竟你熟悉Tinker，多谢了。
赞一下 回复此楼
9楼2010-07-23 10:55:07
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

上书房行走

铁虫 (小有名气)
★
雪狼乖乖(金币+1):谢谢 2010-07-23 23:38:45
引用回帖:
Originally posted by ken2000e at 2010-07-23 10:55:07:
yzhhlq_1983 ,你好，真是很感谢你的帮助，其实我想用Tinker里的Correlate这个程序算自相关，我可以用其他软件得到速度，之后转化成Tinker默认的文件形式，用Correlate这个程序，现在我用你给的这个速度文件做成两 ...

yzhhlp_1983是tinker高手中的高手 the best of the best
能自由 修改tinker软件
楼主有这方便问题找他 算是找对人了！
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2010-07-23 14:35:15
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ken2000e 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 请问大家，我有希望进浙大普博么 +5 高艺文 2024-09-28 8/400 2024-09-29 00:08 by 小红豆
[论文投稿] applied catalysis B 投稿模版 5+4 午后夏日 2024-09-27 5/250 2024-09-28 22:59 by 莱茵润色
[硕博家园] 希望有师兄师姐帮忙引荐申博 +6 zhanyaqian 2024-09-25 11/550 2024-09-28 22:24 by 自强2019
[教师之家] 东南大学电气学院电力电子方向招收硕士博士 +4 蜡笔小鑫1989 2024-09-26 7/350 2024-09-28 21:16 by 伍文童
[教师之家] 开心！国庆前发个小财~ +15 zjjxzh 2024-09-26 15/750 2024-09-28 19:54 by bear2007
[基金申请] QB怎么还没消息 +21 wuxiacl 2024-09-24 57/2850 2024-09-28 14:48 by xiaoxiao270
[基金申请] 山东省基金公示结束 +6 ishow19 2024-09-24 14/700 2024-09-28 12:20 by ishow19
[论文投稿] 想跟大家聊聊对国产SCI期刊的看法 +14 wleizl 2024-09-26 17/850 2024-09-28 11:59 by wleizl
[教师之家] 西湖大学教授：我可以自由地选择讲课的方式, 讲授的角度 +4 zju2000 2024-09-22 4/200 2024-09-28 09:40 by bio-polymer
[基金申请] 广东省基金 +5 yingyueabc 2024-09-22 5/250 2024-09-27 22:57 by FengjiangLiu
[考博] 材料/电信/生物-2025普博生自荐-985本双非硕一区一作 +4 enowei0127 2024-09-23 8/400 2024-09-27 22:40 by enowei0127
[基金申请] 请问大家的计划书填写列表中状态更新了吗？ +7 Laker610 2024-09-25 9/450 2024-09-27 16:36 by 田田hj
[教师之家] 压力山大 +17 暮色恋伊人 2024-09-24 25/1250 2024-09-27 16:10 by 领先于123
[硕博家园] 当前读博士还有性价比吗？ +8 苏东坡二世 2024-09-23 8/400 2024-09-27 11:39 by 半生梦君
[考博] 电催化，电池方向学生自荐 30+3 Freelancedd 2024-09-24 10/500 2024-09-27 10:27 by 莱茵润色
[论文投稿] 期刊论文发表了但查询到sci未收录 50+5 yibuxiao 2024-09-25 11/550 2024-09-27 10:24 by 莱茵润色
[论文投稿] 为什么审稿人一直拒绝审稿啊？ +7 潇湘雪月 2024-09-24 13/650 2024-09-27 07:53 by weizhi111
[考博] 有机转材料申博难度 30+3 昕散 2024-09-22 10/500 2024-09-26 22:42 by 824282658
[论文投稿] NC投稿多久有消息呀？ +4 Jordanblood 2024-09-24 6/300 2024-09-25 16:58 by FZX_2024
[论文投稿] 爱斯维尔旗下Postharvest Biology and Technology，采用什么系统查查 20+4 sdsdsxh 2024-09-22 9/450 2024-09-25 07:33 by sdsdsxh
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭