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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】测序结果分析。。。都整半年了。。急急急急 急
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shuipan666

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】测序结果分析。。。都整半年了。。急急急急 急 已有7人参与

Sample Text克隆一个基因测序结果后，上下游都在，但是翻译后发现，有好几处都有终止密码子，测序几次结果都是这样。不知道咋回事。求高手指点。。涕零感激。。在线等待。。。

附上翻译部分截图
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1楼 2010-07-09 09:17:33
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
确定其实密码子是在第一个ATG哪儿吗？你的序列中有几个ATG呢。
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2楼2010-07-09 09:36:28
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zemin_fang

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
需要找对正确的读码框，建议用ORF finder寻找后再blast分析，找到与你需要的序列相似性最高的结果分析
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3楼2010-07-09 09:46:20
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jqq1985

银虫 (正式写手)
★
lstt09nk(金币+1):欢迎交流~~希望常来~~ 2010-07-09 10:00:22
你的第三个阅读框式可以通读的。但是不是ATG其实罢了。可能1：如果是原核那就是片段不完整，缺了前面一部分。可能2：这是真核的基因，里面有内含子。真核需要从RNA 来获得cDNA序列。
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4楼2010-07-09 09:59:38
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jqq1985

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
还有一种可能就是：你扩出来的做克隆的根本不是你要的东西。那个就要重新设计引物做了
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5楼2010-07-09 10:03:59
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shuipan666

银虫 (小有名气)
我引物就是从第一个ATG设计的，引物都对，就是测序后翻译不对。苦恼俄。
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6楼2010-07-09 12:30:32
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shuipan666

银虫 (小有名气)
另外和其他物种比对之后也正确...
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7楼2010-07-09 12:31:18
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jqq1985

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你的是真核还是原核的基因？另外有时候你还要反过来通读一下。应该把倒过来另外三种读法也读一下，如果你不确定正反的话
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8楼2010-07-09 14:11:55
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shuipan666

银虫 (小有名气)
是不是测序结果有问题俄。今天有让他们反向测序了。在等结果。谢谢好心人俄。。。
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9楼2010-07-09 17:07:38
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+2):谢谢交流！:tiger06: 2010-07-09 23:23:12
引用回帖:
Originally posted by shuipan666 at 2010-07-09 12:30:32:
我引物就是从第一个ATG设计的，引物都对，就是测序后翻译不对。苦恼俄。

第一个ATG并不代表就是阅读框的开始，如楼上所说，要获得全序列后，使用ORFfinder，找到阅读框
另外对测序结果不能完全信任，尤其有的时候有缺失或添加判读，会造成阅读框移码，这样就造成不该出现的终止子出现了。
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10楼2010-07-09 22:22:31
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