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sikasun

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】用MS计算分子半径 已有4人参与

请问如何用MS得到分子半径?我想知道分子半径,就是把分子包裹起来的最小球体的半径。
    我在网上查询和看手册知道MS里,radiussum, centroid, atom column & surface,radius of gyration能计算半径。
    centroid可以得到分子的质心,但是半径怎么求?质心到最远的原子的距离吗?好像也不太对;atom column & surface可以求范德华半径和溶剂半径;radiussum是原子形成紧密接触体时的半径;radius of gyration是旋转半径。后三个应该不是我想要的吧。
    如果我想求的半径是用centriod来算,应该如何算呢?先画分子,得到稳定构型以后求质心,然后呢?
    我刚开始学习MS不久,不明白的东西很多,先谢谢大家了。
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LXBZHO

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问,怎样用atom column & surface计算半径呢?
9楼2014-09-09 10:33:07
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sikasun

木虫 (正式写手)

Is anyone here?
2楼2010-06-18 14:49:42
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wangth08

金虫 (正式写手)

sikasun(金币+5):谢谢你啦~果然是最远的那个原子呀,那最远的那个原子是如何找到的呢? 2010-06-18 14:59:25
先建立分子的模型,然后进行集合优化,用demol或则castep模块,计算完成之后,选上分子,然后点质心。在Filter点质心,记录质心的XYZ坐标,然后找出距离质心最远的分子上的原子,记录坐标,求出就可以了。
或则用测量量出质心与最远原子的距离。
3楼2010-06-18 14:56:53
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sikasun

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by wangth08 at 2010-06-18 14:56:53:
先建立分子的模型,然后进行集合优化,用demol或则castep模块,计算完成之后,选上分子,然后点质心。在Filter点质心,记录质心的XYZ坐标,然后找出距离质心最远的分子上的原子,记录坐标,求出就可以了。
或则用 ...

是不是挨个原子画,看哪个最长?
另外,点质心,画的是质量中心,在质心里改IsWeighted画的是几何中心,我是不是应该改了,要的是几何中心呀?
4楼2010-06-18 15:08:04
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