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zhxbaig

金虫 (小有名气)

[求助] 关于分子在表面模拟的若干问题

假设CO2分子在Ni（110）表面的吸附模拟，希望能够回答以下几个问题：
1 CO2在与Ni（110）表面之间的距离怎么确定？是随便选择一个距离，还是有其具体值？
2 添加CO2分子的时候，需要将其键修改成双键或者离域键，又或者直接加上不用修改（在materials studio的castep练习中，在模拟CO在Pt表面的吸附时，直接加了C和O原子，没有改变其键的种类）？
3在构型优化中，是把优化后的CO2分子放在优化后的Ni表面，还是将未优化的CO2放在未优化的Ni表面，然后优化？
4 在优化时，对称操作的作用意义在哪里？

还望各位多多交流，小弟不甚感激！
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1楼 2011-08-29 22:12:13
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wydzyx2003

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by zhxbaig at 2011-08-29 22:12:13:
假设CO2分子在Ni（110）表面的吸附模拟，希望能够回答以下几个问题：
1 CO2在与Ni（110）表面之间的距离怎么确定？是随便选择一个距离，还是有其具体值？
2 添加CO2分子的时候，需要将其键修改成双键或者离域键 ...

同问，顶

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2011-08-29 23:57:49
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hakuna

木虫 (知名作家)
★ ★ ★
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-08-30 11:13:02
引用回帖:
1楼: Originally posted by zhxbaig at 2011-08-29 22:12:13:
假设CO2分子在Ni（110）表面的吸附模拟，希望能够回答以下几个问题：
1 CO2在与Ni（110）表面之间的距离怎么确定？是随便选择一个距离，还是有其具体值？
2 添加CO2分子的时候，需要将其键修改成双键或者离域键 ...

假设CO2分子在Ni（110）表面的吸附模拟，希望能够回答以下几个问题：
1 CO2在与Ni（110）表面之间的距离怎么确定？是随便选择一个距离，还是有其具体值？
这个只能大致估计，CO2以分子态吸附，比较弱，吸附原子与表面原子间距可考虑为范德华半径和；注意各种可能吸附构型！如果一别C=O键打开后吸附，距离可能稍短点；

2 添加CO2分子的时候，需要将其键修改成双键或者离域键，又或者直接加上不用修改（在materials studio的castep练习中，在模拟CO在Pt表面的吸附时，直接加了C和O原子，没有改变其键的种类）？
这个不重要，距离是关键；

3在构型优化中，是把优化后的CO2分子放在优化后的Ni表面，还是将未优化的CO2放在未优化的Ni表面，然后优化？
都可以。一般先优化表面，在放吸附物优化，顺带考察吸附对表面的影响；

4 在优化时，对称操作的作用意义在哪里？
省时间+你自己想要的构型
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3楼2011-08-30 06:30:08
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杨学舜

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
zhxbaig(金币+10): 谢谢您的回答 2011-08-30 08:19:36
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-08-30 11:14:00
zhxbaig(金币+2): 谢谢 2011-11-13 16:41:44
引用回帖:
1楼: Originally posted by zhxbaig at 2011-08-29 22:12:13:
假设CO2分子在Ni（110）表面的吸附模拟，希望能够回答以下几个问题：
1 CO2在与Ni（110）表面之间的距离怎么确定？是随便选择一个距离，还是有其具体值？
2 添加CO2分子的时候，需要将其键修改成双键或者离域键 ...

第一，二氧化碳与镍之间有一个大概距离可以在文献里查到，用这个距离在优化是比较快，而且分子不容易变形。
第二，我个人认为这个不需要修改，直接加就可以了。
第三，我一般在优化的时候，都是先加后优化，不过你也可以，先优化，再加，在优化 。
第四，在优化时对称操作可以使分子更快的找到能量最低点，达到稳定结构，节约时间。
以上是我自己的看法，如有不对还望各位斧正。
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4楼2011-08-30 07:18:32
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zhoudayan2

木虫 (小有名气)

sherry

【答案】应助回帖

★ ★
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-08-30 11:14:11
zhxbaig(金币+6): 2011-08-30 11:22:56
zhxbaig(金币+2): 谢谢 2011-11-13 16:41:51
引用回帖:
4楼: Originally posted by 杨学舜 at 2011-08-30 07:18:32:
第一，二氧化碳与镍之间有一个大概距离可以在文献里查到，用这个距离在优化是比较快，而且分子不容易变形。
第二，我个人认为这个不需要修改，直接加就可以了。
第三，我一般在优化的时候，都是先加后优化，不 ...

1,你优化得到的，是C离Ni表面近，还是O？
2.直接加
3.先优化，再添加可节约计算时间。
4.如上面应助如是说。
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人生就像河流，无法回头...
5楼2011-08-30 09:27:27
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zhxbaig

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 杨学舜 at 2011-08-30 07:18:32:
第一，二氧化碳与镍之间有一个大概距离可以在文献里查到，用这个距离在优化是比较快，而且分子不容易变形。
第二，我个人认为这个不需要修改，直接加就可以了。
第三，我一般在优化的时候，都是先加后优化，不 ...

优化后，O离表面很近。我还是想继续问下，加入对称性后，体系的能量值基本没有变化，但是频率发生了变化。结果如下所示：
                      未加对称性              加入对称性
final enthalpy /ev        -2.98547938E+003          -2.98547940E+003  
frequency /cm-1         2246.8935                      1363.0964

我想问下为什么加入对称性和未加入的情况下会有如此的不同，谢谢！
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6楼2011-08-30 11:29:06
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aa644387857

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
1楼: Originally posted by zhxbaig at 2011-08-29 22:12:13:
假设CO2分子在Ni（110）表面的吸附模拟，希望能够回答以下几个问题：
1 CO2在与Ni（110）表面之间的距离怎么确定？是随便选择一个距离，还是有其具体值？
2 添加CO2分子的时候，需要将其键修改成双键或者离域键 ...

请问你的对称操作是将CO2加到表面后用MS里Find Symmetry功能吗？
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努力，奋斗
7楼2011-08-30 13:40:47
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zhxbaig

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhxbaig at 2011-08-30 11:29:06:
优化后，O离表面很近。我还是想继续问下，加入对称性后，体系的能量值基本没有变化，但是频率发生了变化。结果如下所示：
                      未加对称性              加入对称性
final enthalpy /ev      ...

我的对称操作是将CO2加到表面后，用MS里Find Symmetry功能的。
我使用的软件是MS的castep，那个frequency 的值是几何优化后，得到的。如下图所示：

 
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8楼2011-08-30 17:59:03
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aa644387857

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hakuna at 2011-08-30 06:30:08:
假设CO2分子在Ni（110）表面的吸附模拟，希望能够回答以下几个问题：
1 CO2在与Ni（110）表面之间的距离怎么确定？是随便选择一个距离，还是有其具体值？
这个只能大致估计，CO2以分子态吸附，比较弱，吸附原子 ...

请问那是是不是在构造模型的时候都要加对称性操作啊？
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努力，奋斗
9楼2011-08-30 19:27:13
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aa644387857

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhxbaig at 2011-08-30 17:59:03:
我的对称操作是将CO2加到表面后，用MS里Find Symmetry功能的。
我使用的软件是MS的castep，那个frequency 的值是几何优化后，得到的。如下图所示：

[/img]

谢谢，
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努力，奋斗
10楼2011-08-30 19:27:45
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