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zhxbaig

金虫 (小有名气)

[求助] 关于分子在表面模拟的若干问题

假设CO2分子在Ni(110)表面的吸附模拟,希望能够回答以下几个问题:
1 CO2在与Ni(110)表面之间的距离怎么确定?是随便选择一个距离,还是有其具体值?
2 添加CO2分子的时候,需要将其键修改成双键或者离域键,又或者直接加上不用修改(在materials studio的castep练习中,在模拟CO在Pt表面的吸附时,直接加了C和O原子,没有改变其键的种类)?
3在构型优化中,是把优化后的CO2分子放在优化后的Ni表面,还是将未优化的CO2放在未优化的Ni表面,然后优化?
4 在优化时,对称操作的作用意义在哪里?

还望各位多多交流,小弟不甚感激!
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aa644387857

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
1楼: Originally posted by zhxbaig at 2011-08-29 22:12:13:
假设CO2分子在Ni(110)表面的吸附模拟,希望能够回答以下几个问题:
1 CO2在与Ni(110)表面之间的距离怎么确定?是随便选择一个距离,还是有其具体值?
2 添加CO2分子的时候,需要将其键修改成双键或者离域键 ...

请问你的对称操作是将CO2加到表面后用MS里Find Symmetry功能吗?
努力,奋斗
7楼2011-08-30 13:40:47
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wydzyx2003

金虫 (正式写手)

引用回帖:
: Originally posted by zhxbaig at 2011-08-29 22:12:13:
假设CO2分子在Ni(110)表面的吸附模拟,希望能够回答以下几个问题:
1 CO2在与Ni(110)表面之间的距离怎么确定?是随便选择一个距离,还是有其具体值?
2 添加CO2分子的时候,需要将其键修改成双键或者离域键 ...

同问,顶

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2011-08-29 23:57:49
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hakuna

木虫 (知名作家)

★ ★ ★
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-08-30 11:13:02
引用回帖:
1楼: Originally posted by zhxbaig at 2011-08-29 22:12:13:
假设CO2分子在Ni(110)表面的吸附模拟,希望能够回答以下几个问题:
1 CO2在与Ni(110)表面之间的距离怎么确定?是随便选择一个距离,还是有其具体值?
2 添加CO2分子的时候,需要将其键修改成双键或者离域键 ...

假设CO2分子在Ni(110)表面的吸附模拟,希望能够回答以下几个问题:
1 CO2在与Ni(110)表面之间的距离怎么确定?是随便选择一个距离,还是有其具体值?
这个只能大致估计,CO2以分子态吸附,比较弱,吸附原子与表面原子间距可考虑为范德华半径和;注意各种可能吸附构型!如果一别C=O键打开后吸附,距离可能稍短点;

2 添加CO2分子的时候,需要将其键修改成双键或者离域键,又或者直接加上不用修改(在materials studio的castep练习中,在模拟CO在Pt表面的吸附时,直接加了C和O原子,没有改变其键的种类)?
这个不重要,距离是关键;

3在构型优化中,是把优化后的CO2分子放在优化后的Ni表面,还是将未优化的CO2放在未优化的Ni表面,然后优化?
都可以。一般先优化表面,在放吸附物优化,顺带考察吸附对表面的影响;

4 在优化时,对称操作的作用意义在哪里?
省时间+你自己想要的构型
3楼2011-08-30 06:30:08
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杨学舜

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
zhxbaig(金币+10): 谢谢您的回答 2011-08-30 08:19:36
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-08-30 11:14:00
zhxbaig(金币+2): 谢谢 2011-11-13 16:41:44
引用回帖:
1楼: Originally posted by zhxbaig at 2011-08-29 22:12:13:
假设CO2分子在Ni(110)表面的吸附模拟,希望能够回答以下几个问题:
1 CO2在与Ni(110)表面之间的距离怎么确定?是随便选择一个距离,还是有其具体值?
2 添加CO2分子的时候,需要将其键修改成双键或者离域键 ...

第一,二氧化碳与镍之间有一个大概距离可以在文献里查到,用这个距离在优化是比较快,而且分子不容易变形。
第二,我个人认为这个不需要修改,直接加就可以了。
第三,我一般在优化的时候,都是先加后优化,不过你也可以,先优化,再加,在优化 。
第四,在优化时对称操作可以使分子更快的找到能量最低点,达到稳定结构,节约时间。
以上是我自己的看法,如有不对还望各位斧正。
4楼2011-08-30 07:18:32
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