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rain841230

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[交流] 【求助】关于shelx加氢的问题 已有5人参与

在精修的最后我对NH3中的N进行加氢,用HFIX 33, 但是最后出来有两个N上的氢变成了如下图那样的3对。谁知道是怎么回事吗?
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hao_jian

木虫 (正式写手)

把这个存成ins文件再修几轮


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
rain841230(金币+3):谢谢相助! 2010-06-17 12:40:58
把这个存成ins文件再修几轮

TITL jzjun10a in Pnma
CELL 0.71073  13.2903   7.5220  15.0990  90.000  90.000  90.000
ZERR    4.00   0.0027   0.0015   0.0030   0.000   0.000   0.000
LATT  1
SYMM 0.5-X, -Y, 0.5+Z
SYMM -X, 0.5+Y, -Z
SYMM 0.5+X, 0.5-Y, 0.5-Z
SFAC N H GA I
UNIT 28 84 4 12

L.S. 4
dfix 0.91 n1 h1a n1 h1b n4 h4a n4 h4b
dfix 1.49 h1a h1b h4a h4b
sadi n1 h1a n1 h1b
sadi n4 h4a n4 h4b
BOND
FMAP 2
PLAN 20

TEMP -170
LIST 3
WGHT    0.100000
FVAR       0.17769
I1    4    0.386071    0.250000    0.452813    10.50000    0.01200    0.01287 =
         0.01268    0.00000   -0.00027    0.00000
I2    4    0.061739    0.250000    0.362806    10.50000    0.01283    0.01714 =
         0.01447    0.00000    0.00211    0.00000
I3    4    0.164740    0.250000   -0.263670    10.50000    0.02258    0.01410 =
         0.01323    0.00000    0.00029    0.00000
GA4   3    0.226306    0.250000    0.097217    10.50000    0.00988    0.00931 =
         0.00810    0.00000    0.00072    0.00000
N1    1    0.298827    0.250000    0.219022    10.50000    0.01645    0.01475 =
         0.00927    0.00000   -0.00287    0.00000
H1A   2    0.268844    0.330358    0.255534    11.00000   -1.50000
H1B   2    0.364598    0.250000    0.211363    10.50000   -1.50000
N2    1    0.321023    0.056802    0.047131    11.00000    0.01587    0.01676 =
         0.01844   -0.00513   -0.00095    0.00063
AFIX  33
H2A   2    0.296012   -0.052637    0.060371    11.00000   -1.50000
H2B   2    0.383185    0.068988    0.071660    11.00000   -1.50000
H2C   2    0.325590    0.068958   -0.012698    11.00000   -1.50000
AFIX   0
N3    1    0.130646    0.052676    0.146440    11.00000    0.01541    0.02347 =
         0.00708   -0.00069    0.00268    0.00045
AFIX  33
H3A   2    0.077501    0.104380    0.174380    11.00000   -1.50000
H3B   2    0.164924   -0.016744    0.185503    11.00000   -1.50000
H3C   2    0.107879   -0.015489    0.100859    11.00000   -1.50000
AFIX   0
N4    1    0.147955    0.250000   -0.022404    10.50000    0.01842    0.01951 =
         0.01010    0.00000   -0.00150    0.00000
H4A   2    0.096861    0.330346   -0.019664    11.00000   -1.50000
H4B   2    0.190521    0.250000   -0.067194    10.50000   -1.50000
N5    1    0.098908   -0.250000    0.379726    10.50000    0.02773    0.02662 =
         0.02262    0.00000   -0.01804    0.00000
HKLF 4

END
14楼2010-06-17 14:59:09
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hao_jian

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
对了,你那个莫名其妙的N5应该是水分子或氨分子吧?应该把H也加上。其他的电荷都平了

[ Last edited by hao_jian on 2010-6-17 at 15:06 ]
15楼2010-06-17 15:03:43
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hao_jian

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
天呐,还有问题,其他N也不能用afix33,因为你要靠它找氢键。
而且你的N1和N4上的H用afix33找的,也不准,得重新定准H,再用我的办法分割H。
整个得推倒重来
16楼2010-06-17 15:11:05
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hao_jian

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yunruirui:谢谢交流,欢迎回帖! 2010-06-18 12:53:58
引用回帖:
Originally posted by 文言文 at 2010-06-18 10:22:53:

高手,您什么这么处理,能解释一下吗?我也遇到这样的问题,谢谢!

18楼说的就是
20楼2010-06-18 11:02:54
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