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【求助/交流】序列分析 已有10人参与
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麻烦问： 有谁能告一下系统的一步一步如何分析所做出来的序列，系统树建立。 刚做完实验不知如何分析，那些杂志可发这方面的文章。 多谢 |
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ben1147
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3楼2010-06-09 15:52:01
feilr
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hudong
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如何进行系统发育分析
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我以细菌16S rDNA为例给你讲讲具体步骤 时间关系，图片截图没放上，具体你有需要，我再给你。 下面是我写的一个步骤，供你参考。 还有就是，要做什么样的分析要看你的需要，是投什么样的文章，不同的类型文章需求不一样。 步骤： 1.登录NCBI网站的主页（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）。 2.在搜索栏中选中Nucleotide，for后面填入目标菌的编号，单击Search。 3.获得目标菌的信息，找出该菌的属名。如Paracoccus sp. 4.登录IJSEM网站主页（http://ijs.sgmjournals.org/）。单击Search for article。在Title栏中输入菌的属名，单击Search。 5.找到相关文献共19篇，单击右上角的newest，按最近的时间顺序排列。 6.下载2~3篇最近的文献作为参考，找出文献中最全面的系统发育树，以其中一篇为主，另外几篇为补充。（注：近三个月的文献不能下载）。 7.打开MEGA 4.1软件，单击Alignment，然后单击下拉菜单中的Do BLAST Search，弹出新的对话框。 8.单击左上角的NCBI，回到NCBI的主界面。 9.根据最全面的系统发育树，将模式菌株（名称后面带T的）分别进行搜索。 举例：登录号为Y12703 单击Search 单击上方 ，弹出新的对话框，单击OK。打开新的对话框。 双击序列名称修改为“属名+种名+（accession number）”格式。 保存到桌面，格式为“*mas”。 将29个模式菌株和目标菌株分别进行添加，步骤同上，并保存。 10.单击菜单栏中的Edit及下拉菜单中的Select all，全部选中。 11.单击Alignment下拉菜单中的 ，进行序列比对。 12.弹出新的对话框，单击OK。 13.比对完成后保存，然后关闭该界面。这时弹出下面的对话框，单击Yes。 14.弹出“另存为”的对话框，单击保存。又弹出新的对话框单击OK.，接着弹出对话框（是否翻译为蛋白质序列），单击NO。然后点Open，接着点Yes，会弹出新的界面。 15.单击主界面中的Phylogeny Construct Phylogeny Neighbor-Joining。 16.弹出新的对话框“Analysis Preferences”，将Model栏中的模式改为Nucleotide: Jukes-Cantor，然后单击Compute。 17.弹出的新界面即为系统发育树。在此界面下单击Cope to clipboard（Ctrl+C），将发育树图粘贴于PPT上。在PPT上可进行字体等修改。 18.单击主界面上Distances Compute Pairwise，然后单击Compute，即生成遗传距离图。 遗传距离图如下： 19.将遗传距离图中的目标菌株移至最上方，然后进行排序。按Print Screen键截屏，粘贴到画板上。 20.根据系统发育树和遗传距离得出，EU841535与P.marcusii (Y12703)和R.capsulatus (D16428)的16S rDNA相似性为100%。 |
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