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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】如何实现两个小分子之间的对接？！
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flyinglaura1029

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何实现两个小分子之间的对接？！ 已有9人参与

刚刚接触这方面，问的问题可能很菜鸟，大家见谅！
想计算一个小分子与另一类小分子之间的相互作用，根据作用的大小排序说明这些小分子与目标分子的结合强弱，是不是必须进行分子对接？！
我现在在学Sybyl软件，不知选择这个软件对不？有没有更好的推荐？
一般分子对接都是小分子和蛋白之间进行，还有什么ligand，recepter什么的！小分子和小分子之间这个过程是不是能够简化，能够简化什么步骤，请详细说明！
在这里先谢谢大家！
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1楼 2010-05-17 09:10:09
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
flyinglaura1029(金币+2):谢谢参与
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-18 22:25:52
flyinglaura1029(金币+2): 2010-05-19 21:04:14
引用回帖:
Originally posted by rainbow001 at 2010-05-18 16:56:03:
我觉得你试的把这两个小分子分别和大分子对接，哪个打分高对接的又好那就选哪个小分子，仅供参考

呵呵~我不同意你的观点~因为作者做的是一类小分子和另一类小分子的对接，如果你将他们于大分子对接，得到的结果只是说明这两类分子与大分子的结合情况好坏，对他们之间的联系没有任何关系~仅供讨论~
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6楼2010-05-18 19:31:33
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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故地如重游月圆更寂寞
10楼2011-09-05 20:23:23
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wuna2016

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问你的分子对接成功了吗？我最近在弄分子对接想请教你一下。
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15楼2018-06-04 21:18:31
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普通回帖

arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★
flyinglaura1029(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-17 17:38:19
直接对接，做一个动力学，再算算能量吧？在深入的就不清楚了，两个小分子……计算很快呢
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2楼2010-05-17 16:59:02
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flyinglaura1029

银虫 (小有名气)
真的很感谢你的回复，看来没有什么捷径，得继续学习软件了！
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3楼2010-05-18 09:01:52
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
★
flyinglaura1029(金币+2):谢谢参与
群主，你的问题解决了吗？我也是刚接触这个东西  也很需要这方面的知识，
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4楼2010-05-18 15:21:03
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rainbow001

木虫 (小有名气)
★ ★
flyinglaura1029(金币+2):谢谢参与
lei0736(金币+1):谢谢 2010-05-18 22:25:38
我觉得你试的把这两个小分子分别和大分子对接，哪个打分高对接的又好那就选哪个小分子，仅供参考
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加油加油
5楼2010-05-18 16:56:03
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-05-18 22:26:00
引用回帖:
Originally posted by flyinglaura1029 at 2010-05-17 09:10:09:
刚刚接触这方面，问的问题可能很菜鸟，大家见谅！
想计算一个小分子与另一类小分子之间的相互作用，根据作用的大小排序说明这些小分子与目标分子的结合强弱，是不是必须进行分子对接？！
我现在在学Sybyl软件， ...

小分子和小分子对接我们学院有人做，貌似他们用的是DS，感觉从原理上来说是一样的~
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7楼2010-05-18 19:32:30
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sigmax

银虫 (正式写手)
★ ★
flyinglaura1029(金币+2):谢谢参与
lei0736(金币+1):谢谢 2010-05-18 22:26:09
flyinglaura1029(金币+2): 2010-05-19 21:04:27
小分子之间的对接与小分子-大分子间的对接一样，当然要简单很多。你可以看看现在关于环糊精包合物的文章，上海理工大学的李老师有文章专门做这方面的。
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8楼2010-05-18 22:15:01
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flyinglaura1029

银虫 (小有名气)
感谢大家的积极回帖，我又给了额外鼓励呀！
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9楼2010-05-19 21:04:57
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