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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】计算手性描述符一定要用化合物的三维结构吗？
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bbslover

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】计算手性描述符一定要用化合物的三维结构吗？ 已有3人参与

如题， 还有是不是要用3D结构的话还要对描述符优化。 那么计算二维描述符的时候是不是画出结构就行了，不用优化了？

谢谢
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1楼 2010-04-28 16:28:30
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-28 16:59
计算手性描述符不一定要用化合物的三维结构，但要有手性信息，例如，2D结构里的R/S信息。Alexander Golbraikh设计了手性描述符，你可以看看他的论文。

计算二维描述符的时候当然不用优化。

没有什么描述符优化。
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2楼2010-04-28 16:56:33
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bbslover

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-04-28 16:56:33:
计算手性描述符不一定要用化合物的三维结构，但要有手性信息，例如，2D结构里的R/S信息。Alexander Golbraikh设计了手性描述符，你可以看看他的论文。

计算二维描述符的时候当然不用优化。

没有什么 ...

Alexander Golbraikh 的文章我看了，我还给他写了email要他的软件，可是他没有给我回，呵呵！

2D结构里的R/S信息怎么表示呢？ smiles能包含R/S信息吗？ 还有sd格式的文件不包含手性吧？

哪些文件格式能包含手性信息呢？ 除了Alexander Golbraikh的软件，还有什么软件能计算手性描述符呢，免费的最好，呵呵！

谢谢！
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3楼2010-04-28 18:53:21
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-29 10:07
引用回帖:
smiles能包含R/S信息吗？ 还有sd格式的文件不包含手性吧

SMILES里面，那种@和@@，就是代表R/S的意思。
SD格式，其实就是MOL的“数组”。那么，MOL每个原子都有坐标，x,y,z，如果三维都有效，那么，就可以用它来判断。如果有某一维都是0，那就是二维。此时，要看元素符号后的第3、5个数字，它们代表着该原子的立体信息。详细情况，看看MDL CTFile Format。

实际上，要研究手性，建议用3D-QSAR，如CoMFA/CoMSIA等，靠着2D描述子做QSAR，很难解释。

[ Last edited by yalefield on 2010-4-28 at 22:49 ]
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4楼2010-04-28 22:48:17
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bbslover

金虫 (正式写手)
谢谢解答！
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-04-28 22:48:17:


SMILES里面，那种@和@@，就是代表R/S的意思。
SD格式，其实就是MOL的“数组”。那么，MOL每个原子都有坐标，x,y,z，如果三维都有效，那么，就可以用它来判断。如果有某一维都是0，那就是二维。此时，要看元素 ...

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5楼2010-04-29 12:55:04
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tjegg
★
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引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-04-28 22:48:17:


SMILES里面，那种@和@@，就是代表R/S的意思。
SD格式，其实就是MOL的“数组”。那么，MOL每个原子都有坐标，x,y,z，如果三维都有效，那么，就可以用它来判断。如果有某一维都是0，那就是二维。此时，要看元素 ...

6楼2010-04-29 22:15:32
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