应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】计算手性描述符一定要用化合物的三维结构吗？
51/1返回列表
查看: 1358  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

bbslover

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】计算手性描述符一定要用化合物的三维结构吗？ 已有3人参与

如题， 还有是不是要用3D结构的话还要对描述符优化。 那么计算二维描述符的时候是不是画出结构就行了，不用优化了？

谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-04-28 16:28:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-04-28 22:48:17:


SMILES里面，那种@和@@，就是代表R/S的意思。
SD格式，其实就是MOL的“数组”。那么，MOL每个原子都有坐标，x,y,z，如果三维都有效，那么，就可以用它来判断。如果有某一维都是0，那就是二维。此时，要看元素 ...

6楼2010-04-29 22:15:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-28 16:59
计算手性描述符不一定要用化合物的三维结构，但要有手性信息，例如，2D结构里的R/S信息。Alexander Golbraikh设计了手性描述符，你可以看看他的论文。

计算二维描述符的时候当然不用优化。

没有什么描述符优化。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-04-28 16:56:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bbslover

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-04-28 16:56:33:
计算手性描述符不一定要用化合物的三维结构，但要有手性信息，例如，2D结构里的R/S信息。Alexander Golbraikh设计了手性描述符，你可以看看他的论文。

计算二维描述符的时候当然不用优化。

没有什么 ...

Alexander Golbraikh 的文章我看了，我还给他写了email要他的软件，可是他没有给我回，呵呵！

2D结构里的R/S信息怎么表示呢？ smiles能包含R/S信息吗？ 还有sd格式的文件不包含手性吧？

哪些文件格式能包含手性信息呢？ 除了Alexander Golbraikh的软件，还有什么软件能计算手性描述符呢，免费的最好，呵呵！

谢谢！
赞一下 回复此楼
3楼2010-04-28 18:53:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-29 10:07
引用回帖:
smiles能包含R/S信息吗？ 还有sd格式的文件不包含手性吧

SMILES里面，那种@和@@，就是代表R/S的意思。
SD格式，其实就是MOL的“数组”。那么，MOL每个原子都有坐标，x,y,z，如果三维都有效，那么，就可以用它来判断。如果有某一维都是0，那就是二维。此时，要看元素符号后的第3、5个数字，它们代表着该原子的立体信息。详细情况，看看MDL CTFile Format。

实际上，要研究手性，建议用3D-QSAR，如CoMFA/CoMSIA等，靠着2D描述子做QSAR，很难解释。

[ Last edited by yalefield on 2010-4-28 at 22:49 ]
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-04-28 22:48:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +16 Lanmanbaby 2026-08-09 26/1300 2026-08-11 17:16 by 天神眷顾
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-11 16:57 by Ai19911123
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +3 布布和一二 2026-08-11 4/200 2026-08-11 15:20 by aasahr
[论文投稿] 职称评审，求友友推荐见刊最快的期刊 +3 工厂打螺丝 2026-08-08 3/150 2026-08-11 13:42 by 会议编辑
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 6/300 2026-08-11 13:19 by JACS/Angew
[基金申请] filecode +9 documentary 2026-08-10 9/450 2026-08-11 10:08 by wk7465
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] 静等基金结果 +5 gjjjzhong 2026-08-10 16/800 2026-08-10 17:19 by Tide man
[基金申请] 好奇怪的filecode +4 布布和一二 2026-08-08 5/250 2026-08-10 14:20 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭