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bbslover金虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】计算手性描述符一定要用化合物的三维结构吗？ 已有3人参与
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如题， 还有是不是要用3D结构的话还要对描述符优化。 那么计算二维描述符的时候是不是画出结构就行了，不用优化了？ 谢谢 |
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-29 10:07
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-29 10:07
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SMILES里面，那种@和@@，就是代表R/S的意思。 SD格式，其实就是MOL的“数组”。那么，MOL每个原子都有坐标，x,y,z，如果三维都有效，那么，就可以用它来判断。如果有某一维都是0，那就是二维。此时，要看元素符号后的第3、5个数字，它们代表着该原子的立体信息。详细情况，看看MDL CTFile Format。 实际上，要研究手性，建议用3D-QSAR，如CoMFA/CoMSIA等，靠着2D描述子做QSAR，很难解释。 [ Last edited by yalefield on 2010-4-28 at 22:49 ] |
4楼2010-04-28 22:48:17
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6楼2010-04-29 22:15:32