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bbslover

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】计算手性描述符一定要用化合物的三维结构吗? 已有3人参与

如题, 还有是不是要用3D结构的话还要对描述符优化。 那么计算二维描述符的时候是不是画出结构就行了,不用优化了?

谢谢
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bbslover

金虫 (正式写手)

谢谢解答!
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-04-28 22:48:17:


SMILES里面,那种@和@@,就是代表R/S的意思。
SD格式,其实就是MOL的“数组”。那么,MOL每个原子都有坐标,x,y,z,如果三维都有效,那么,就可以用它来判断。如果有某一维都是0,那就是二维。此时,要看元素 ...

5楼2010-04-29 12:55:04
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-28 16:59
计算手性描述符不一定要用化合物的三维结构,但要有手性信息,例如,2D结构里的R/S信息。Alexander Golbraikh设计了手性描述符,你可以看看他的论文。

计算二维描述符的时候当然不用优化。

没有什么描述符优化。
2楼2010-04-28 16:56:33
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bbslover

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-04-28 16:56:33:
计算手性描述符不一定要用化合物的三维结构,但要有手性信息,例如,2D结构里的R/S信息。Alexander Golbraikh设计了手性描述符,你可以看看他的论文。

计算二维描述符的时候当然不用优化。

没有什么 ...

Alexander Golbraikh 的文章我看了,我还给他写了email要他的软件,可是他没有给我回,呵呵!

2D结构里的R/S信息怎么表示呢? smiles能包含R/S信息吗? 还有sd格式的文件不包含手性吧?

哪些文件格式能包含手性信息呢? 除了Alexander Golbraikh的软件,还有什么软件能计算手性描述符呢,免费的最好,呵呵!

谢谢!
3楼2010-04-28 18:53:21
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-29 10:07
引用回帖:
smiles能包含R/S信息吗? 还有sd格式的文件不包含手性吧

SMILES里面,那种@和@@,就是代表R/S的意思。
SD格式,其实就是MOL的“数组”。那么,MOL每个原子都有坐标,x,y,z,如果三维都有效,那么,就可以用它来判断。如果有某一维都是0,那就是二维。此时,要看元素符号后的第3、5个数字,它们代表着该原子的立体信息。详细情况,看看MDL CTFile Format。

实际上,要研究手性,建议用3D-QSAR,如CoMFA/CoMSIA等,靠着2D描述子做QSAR,很难解释。

[ Last edited by yalefield on 2010-4-28 at 22:49 ]
4楼2010-04-28 22:48:17
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