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【求助】请问gaussian优化金属螯合小分子的一般步骤?
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letitgone
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专业: 药物设计
[交流]
【求助】请问gaussian优化金属螯合小分子的一般步骤?
已有7人参与
各位大牛牛们好,我想要对一个螯合了Zn2+的小分子结构进行优化。
小分子与Zn2+之间是四配位键结合。
我查了以前的帖子,人家说用lanl2dz基组(#B3lyp/LANL2DZ)
但是我不知道Gaussian的一般步骤应该如何?是先固定Zn2+优化小分子呢?还是先固定小分子优化Zn2+呢?还是小分子上与Zn2+配位的4个重原子也要相应的固定以保持金属与小分子的相对位置不变呢?
谢谢大家的耐心解答
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2010-04-27 10:15:33
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+0.5
):给个红包,谢谢回帖交流
我也想计算配位键,高手快来支招啊
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3楼
2010-04-29 00:06:43
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cy2003
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):给个红包,谢谢回帖交流
我也想计算配位键,刚接触gaussian什么都不知道,同lz一起等高手来指导
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2010-04-28 19:09:36
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aylayl08(金币+2):谢谢提示 2010-04-29 16:33
如果分子不太大,直接优化不就可以了吗?为什么要固定呢?另外配位键也好,共价键也好,计算过程是一样的,软件并不认得这些键,它们是人自己分析出来的。
引用回帖:
Originally posted by
letitgone
at 2010-04-27 10:15:33:
各位大牛牛们好,我想要对一个螯合了Zn2+的小分子结构进行优化。
小分子与Zn2+之间是四配位键结合。
我查了以前的帖子,人家说用lanl2dz基组(#B3lyp/LANL2DZ)
但是我不知道Gaussian的一般步骤应该如何?是先 ...
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2010-04-29 04:33:09
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aylayl08(金币+2):鼓励交流 2010-04-29 16:33
引用回帖:
Originally posted by
letitgone
at 2010-04-27 10:15:33:
各位大牛牛们好,我想要对一个螯合了Zn2+的小分子结构进行优化。
小分子与Zn2+之间是四配位键结合。
我查了以前的帖子,人家说用lanl2dz基组(#B3lyp/LANL2DZ)
但是我不知道Gaussian的一般步骤应该如何?是先 ...
我最近也在算!我认为直接优化就可以了,但是与你的初始结构有关系,而且与溶剂相也有很大关系,一般气相最容易!
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5楼
2010-04-29 10:59:18
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