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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

[交流] 【求助】请问NAMD算自由能 已有2人参与

我照着教程里面那个Born模型的例子做了一下,结果总是出现:

ETITLE:      TS           BOND          ANGLE          DIHED          IMPRP               ELECT            VDW       BOUNDARY           MISC        KINETIC               TOTAL           TEMP      POTENTIAL         TOTAL3        TEMPAVG            PRESSURE      GPRESSURE         VOLUME       PRESSAVG      GPRESSAVG

ENERGY:       0         0.0000         0.0000         0.0000         0.0000         -50748.4978 9999999999.9999         0.0000         0.0000 9999999999.9999      9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999      9999999999.9999 9999999999.9999     27000.0000 9999999999.9999 9999999999.9999

我怀疑是两个Na原子重叠导致的能量无穷大造成的,但是我是按照教程里面做的啊,怎么会这样了,请大家提提意见好吗?
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技术博客:http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
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superdirac

木虫 (正式写手)

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-20 20:29
你的这个例子是
  FEP教程的第二个例子吧!
   02.charging-spherical-ion
  体系很简单,只有 一个Na离子和一个Cl离子。
         是不是你的参数有什么问题啊!
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
9楼2010-04-20 17:02:31
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superdirac

木虫 (正式写手)


coolrainbow(金币+1):谢谢回复 2010-04-18 18:40
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-18 22:23
你拿什么算的自由能  ABF,FEP, or MCTI??
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
2楼2010-04-18 17:40:13
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2010-04-18 17:40:13:
你拿什么算的自由能  ABF,FEP, or MCTI??

我用的是fep,按照A Tutorial on Alchemical Free Energy Perturbation Calculations in NAMD的第二个例子做的,可是怎么也做不好,总是能量无穷大,可是按照他的例子做的啊,诡异~~
技术博客:http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
3楼2010-04-18 18:42:35
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superdirac

木虫 (正式写手)


lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-18 22:23
namd 2.6 和 namd 2.7b2.对待 FEP的时候差别很大的!
 那你是用的那个??
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
4楼2010-04-18 20:57:14
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