应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请问NAMD算自由能
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
91/1返回列表
查看: 907  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 coolrainbow 的 9 个金币

coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

[交流] 【求助】请问NAMD算自由能 已有2人参与

我照着教程里面那个Born模型的例子做了一下，结果总是出现：

ETITLE:      TS           BOND          ANGLE          DIHED          IMPRP               ELECT            VDW       BOUNDARY           MISC        KINETIC               TOTAL           TEMP      POTENTIAL         TOTAL3        TEMPAVG            PRESSURE      GPRESSURE         VOLUME       PRESSAVG      GPRESSAVG

ENERGY:       0         0.0000         0.0000         0.0000         0.0000         -50748.4978 9999999999.9999         0.0000         0.0000 9999999999.9999      9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999      9999999999.9999 9999999999.9999     27000.0000 9999999999.9999 9999999999.9999

我怀疑是两个Na原子重叠导致的能量无穷大造成的，但是我是按照教程里面做的啊，怎么会这样了，请大家提提意见好吗？
回复此楼

» 猜你喜欢
技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
1楼 2010-04-14 09:37:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)
★
coolrainbow(金币+1):谢谢回复 2010-04-18 18:40
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-18 22:23
你拿什么算的自由能  ABF，FEP, or MCTI??
赞一下(1人) 回复此楼
我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
2楼2010-04-18 17:40:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2010-04-18 17:40:13:
你拿什么算的自由能  ABF，FEP, or MCTI??

我用的是fep，按照A Tutorial on Alchemical Free Energy Perturbation Calculations in NAMD的第二个例子做的，可是怎么也做不好，总是能量无穷大，可是按照他的例子做的啊，诡异~~
赞一下 回复此楼
技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
3楼2010-04-18 18:42:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-18 22:23
namd 2.6 和 namd 2.７b2.对待 FEP的时候差别很大的！
　那你是用的那个？？
赞一下(1人) 回复此楼
我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
4楼2010-04-18 20:57:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2010-04-18 20:57:14:
namd 2.6 和 namd 2.７b2.对待 FEP的时候差别很大的！
　那你是用的那个？？

我用的是我自己编译的namd2.7b2，用intel+mpich2编译的
conf文件是：
##########################################################

fixedAtoms on
fixedAtomsFile ../sodium.fep
fixedAtomsCol B

#############################################################
## FEP  PARAMETERS                                         ##
#############################################################

source ../fep.tcl

alch on
alchtype fep
alchFile ../sodium.fep
alchCol B
alchOutFile alchemy.alchOutFile
alchOutFreq 10
alchEquilSteps 1000
set nSteps 11000
set dLambda 0.1

runFEP 0.0 1.0 $dLambda $nSteps

我的psf是用alchemify生成的，nnb部分
       1 NNB
       1
       0       1       1       1       1       1       1       1
       1       1       1       1       1       1       1       1
       1       1       1       1       1       1       1       1
       1       1       1       1       1       1       1       1
       1       1       1       1       1       1       1       1
       1       1       1       1       1       1       1       1
....

有什么问题吗？

[ Last edited by coolrainbow on 2010-4-19 at 07:56 ]
赞一下 回复此楼
技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
5楼2010-04-19 07:37:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢关注 2010-04-19 11:27
你的体系是构建以后直接算得呢？？　还是平衡了一下以后再算的？？
赞一下(1人) 回复此楼
我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
6楼2010-04-19 08:42:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2010-04-19 08:42:18:
你的体系是构建以后直接算得呢？？　还是平衡了一下以后再算的？？

平衡，第一步能量就Nan，9999999.9999999了
赞一下 回复此楼
技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
7楼2010-04-19 09:27:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-20 16:58
嗯！那就先　Minimize一下，然后再去　平衡！
赞一下(1人) 回复此楼
我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
8楼2010-04-20 16:56:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-20 20:29
你的这个例子是
  FEP教程的第二个例子吧！
　　　02.charging-spherical-ion
　　体系很简单，只有　一个Na离子和一个Cl离子。
         是不是你的参数有什么问题啊！
赞一下(1人) 回复此楼
我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
9楼2010-04-20 17:02:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 coolrainbow 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 08工科求调剂286 +4 tgs_001 2026-03-28 4/200 2026-03-30 21:03 by dophin1985
[考研] 求收留 +6 1943443204 2026-03-28 6/300 2026-03-30 20:37 by dick_runner
[考研] 285求调剂 +4 AZMK 2026-03-30 7/350 2026-03-30 20:24 by laoshidan
[考研] 311求调剂 +7 蓝月亮亮 2026-03-30 7/350 2026-03-30 19:24 by 无际的草原
[考研] 295材料工程专硕求调剂 +10 1428151015 2026-03-27 10/500 2026-03-30 19:00 by 源_2020
[考研] 317分 一志愿南理工材料工程 本科湖工大 求调剂 +12 芋泥小铃铛 2026-03-28 12/600 2026-03-30 17:06 by wangjy2002
[考研] 324求调剂 +9 hanamiko 2026-03-26 11/550 2026-03-30 14:27 by JourneyLucky
[考研] 318求调剂 +7 陈晨79 2026-03-30 7/350 2026-03-30 10:49 by 探123
[考研] 282求调剂 +4 wcq131415 2026-03-24 4/200 2026-03-30 10:39 by Delta2012
[考研] 337求调剂 +6 《树》 2026-03-29 6/300 2026-03-30 10:15 by herarysara
[考研] 327求调剂 +6 汲亦昊 2026-03-29 6/300 2026-03-29 13:40 by peike
[考研] 356求调剂 +4 gysy?s?a 2026-03-28 4/200 2026-03-29 10:32 by 唐沐儿
[考研] 0856求调剂 +13 zhn03 2026-03-25 14/700 2026-03-29 08:13 by fmesaito
[考研] 数一英一271专硕（085401）求调剂，可跨 +7 前行必有光 2026-03-28 8/400 2026-03-28 23:22 by 小木虫tim
[考研] 压国家一区线，求导师收留，有恩必谢！ +7 迷人的哈哈 2026-03-28 7/350 2026-03-28 16:47 by 催化大白
[考研] 调剂 +3 好好读书。 2026-03-28 3/150 2026-03-28 12:04 by 王保杰33
[考研] 315分求调剂 +7 26考研上岸版26 2026-03-26 7/350 2026-03-28 04:05 by fmesaito
[考研] 348求调剂 +4 小懒虫不懒了 2026-03-27 5/250 2026-03-27 12:47 by 果果妈咪
[考研] 347求调剂 +4 L when 2026-03-25 4/200 2026-03-25 13:37 by cocolv
[考研] 293求调剂 +7 加一一九 2026-03-24 7/350 2026-03-25 12:02 by userper
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭