| 查看: 1143 | 回复: 8 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 coolrainbow 的 9 个金币 | |||
coolrainbow木虫 (著名写手)
未来国家冻凉
|
[交流]
【求助】请问NAMD算自由能 已有2人参与
|
||
|
我照着教程里面那个Born模型的例子做了一下，结果总是出现： ETITLE: TS BOND ANGLE DIHED IMPRP ELECT VDW BOUNDARY MISC KINETIC TOTAL TEMP POTENTIAL TOTAL3 TEMPAVG PRESSURE GPRESSURE VOLUME PRESSAVG GPRESSAVG ENERGY: 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 -50748.4978 9999999999.9999 0.0000 0.0000 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 27000.0000 9999999999.9999 9999999999.9999 我怀疑是两个Na原子重叠导致的能量无穷大造成的，但是我是按照教程里面做的啊，怎么会这样了，请大家提提意见好吗？ |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有7人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有6人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
superdirac
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 4269.5
- 散金: 33
- 红花: 2
- 帖子: 536
- 在线: 287.5小时
- 虫号: 522969
- 注册: 2008-03-12
- 专业: 理论和计算化学
2楼2010-04-18 17:40:13
coolrainbow
木虫 (著名写手)
未来国家冻凉
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 0.1
- 金币: 3979.5
- 散金: 10
- 红花: 50
- 帖子: 1137
- 在线: 272.3小时
- 虫号: 239560
- 注册: 2006-04-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2010-04-18 18:42:35
superdirac
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 4269.5
- 散金: 33
- 红花: 2
- 帖子: 536
- 在线: 287.5小时
- 虫号: 522969
- 注册: 2008-03-12
- 专业: 理论和计算化学
4楼2010-04-18 20:57:14
coolrainbow
木虫 (著名写手)
未来国家冻凉
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 0.1
- 金币: 3979.5
- 散金: 10
- 红花: 50
- 帖子: 1137
- 在线: 272.3小时
- 虫号: 239560
- 注册: 2006-04-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
|
我用的是我自己编译的namd2.7b2，用intel+mpich2编译的 conf文件是： ########################################################## fixedAtoms on fixedAtomsFile ../sodium.fep fixedAtomsCol B ############################################################# ## FEP PARAMETERS ## ############################################################# source ../fep.tcl alch on alchtype fep alchFile ../sodium.fep alchCol B alchOutFile alchemy.alchOutFile alchOutFreq 10 alchEquilSteps 1000 set nSteps 11000 set dLambda 0.1 runFEP 0.0 1.0 $dLambda $nSteps 我的psf是用alchemify生成的，nnb部分 1 NNB 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 .... 有什么问题吗？ [ Last edited by coolrainbow on 2010-4-19 at 07:56 ] |
5楼2010-04-19 07:37:26
superdirac
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 4269.5
- 散金: 33
- 红花: 2
- 帖子: 536
- 在线: 287.5小时
- 虫号: 522969
- 注册: 2008-03-12
- 专业: 理论和计算化学
6楼2010-04-19 08:42:18
coolrainbow
木虫 (著名写手)
未来国家冻凉
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 0.1
- 金币: 3979.5
- 散金: 10
- 红花: 50
- 帖子: 1137
- 在线: 272.3小时
- 虫号: 239560
- 注册: 2006-04-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
7楼2010-04-19 09:27:59
superdirac
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 4269.5
- 散金: 33
- 红花: 2
- 帖子: 536
- 在线: 287.5小时
- 虫号: 522969
- 注册: 2008-03-12
- 专业: 理论和计算化学
8楼2010-04-20 16:56:11
superdirac
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 4269.5
- 散金: 33
- 红花: 2
- 帖子: 536
- 在线: 287.5小时
- 虫号: 522969
- 注册: 2008-03-12
- 专业: 理论和计算化学
9楼2010-04-20 17:02:31
