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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请问NAMD算自由能
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

[交流] 【求助】请问NAMD算自由能 已有2人参与

我照着教程里面那个Born模型的例子做了一下，结果总是出现：

ETITLE:      TS           BOND          ANGLE          DIHED          IMPRP               ELECT            VDW       BOUNDARY           MISC        KINETIC               TOTAL           TEMP      POTENTIAL         TOTAL3        TEMPAVG            PRESSURE      GPRESSURE         VOLUME       PRESSAVG      GPRESSAVG

ENERGY:       0         0.0000         0.0000         0.0000         0.0000         -50748.4978 9999999999.9999         0.0000         0.0000 9999999999.9999      9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999      9999999999.9999 9999999999.9999     27000.0000 9999999999.9999 9999999999.9999

我怀疑是两个Na原子重叠导致的能量无穷大造成的，但是我是按照教程里面做的啊，怎么会这样了，请大家提提意见好吗？
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1楼 2010-04-14 09:37:32
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superdirac

木虫 (正式写手)
★
coolrainbow(金币+1):谢谢回复 2010-04-18 18:40
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-18 22:23
你拿什么算的自由能  ABF，FEP, or MCTI??
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
2楼2010-04-18 17:40:13
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2010-04-18 17:40:13:
你拿什么算的自由能  ABF，FEP, or MCTI??

我用的是fep，按照A Tutorial on Alchemical Free Energy Perturbation Calculations in NAMD的第二个例子做的，可是怎么也做不好，总是能量无穷大，可是按照他的例子做的啊，诡异~~
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3楼2010-04-18 18:42:35
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superdirac

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-18 22:23
namd 2.6 和 namd 2.７b2.对待 FEP的时候差别很大的！
　那你是用的那个？？
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
4楼2010-04-18 20:57:14
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2010-04-18 20:57:14:
namd 2.6 和 namd 2.７b2.对待 FEP的时候差别很大的！
　那你是用的那个？？

我用的是我自己编译的namd2.7b2，用intel+mpich2编译的
conf文件是：
##########################################################

fixedAtoms on
fixedAtomsFile ../sodium.fep
fixedAtomsCol B

#############################################################
## FEP  PARAMETERS                                         ##
#############################################################

source ../fep.tcl

alch on
alchtype fep
alchFile ../sodium.fep
alchCol B
alchOutFile alchemy.alchOutFile
alchOutFreq 10
alchEquilSteps 1000
set nSteps 11000
set dLambda 0.1

runFEP 0.0 1.0 $dLambda $nSteps

我的psf是用alchemify生成的，nnb部分
       1 NNB
       1
       0       1       1       1       1       1       1       1
       1       1       1       1       1       1       1       1
       1       1       1       1       1       1       1       1
       1       1       1       1       1       1       1       1
       1       1       1       1       1       1       1       1
       1       1       1       1       1       1       1       1
....

有什么问题吗？

[ Last edited by coolrainbow on 2010-4-19 at 07:56 ]
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5楼2010-04-19 07:37:26
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superdirac

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢关注 2010-04-19 11:27
你的体系是构建以后直接算得呢？？　还是平衡了一下以后再算的？？
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
6楼2010-04-19 08:42:18
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2010-04-19 08:42:18:
你的体系是构建以后直接算得呢？？　还是平衡了一下以后再算的？？

平衡，第一步能量就Nan，9999999.9999999了
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
7楼2010-04-19 09:27:59
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superdirac

木虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-20 16:58
嗯！那就先　Minimize一下，然后再去　平衡！
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
8楼2010-04-20 16:56:11
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-20 20:29
你的这个例子是
  FEP教程的第二个例子吧！
　　　02.charging-spherical-ion
　　体系很简单，只有　一个Na离子和一个Cl离子。
         是不是你的参数有什么问题啊！
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
9楼2010-04-20 17:02:31
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