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我照着教程里面那个Born模型的例子做了一下，结果总是出现： ETITLE: TS BOND ANGLE DIHED IMPRP ELECT VDW BOUNDARY MISC KINETIC TOTAL TEMP POTENTIAL TOTAL3 TEMPAVG PRESSURE GPRESSURE VOLUME PRESSAVG GPRESSAVG ENERGY: 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 -50748.4978 9999999999.9999 0.0000 0.0000 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 27000.0000 9999999999.9999 9999999999.9999 我怀疑是两个Na原子重叠导致的能量无穷大造成的，但是我是按照教程里面做的啊，怎么会这样了，请大家提提意见好吗？ |
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2楼2010-04-18 17:40:13
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我用的是我自己编译的namd2.7b2，用intel+mpich2编译的 conf文件是： ########################################################## fixedAtoms on fixedAtomsFile ../sodium.fep fixedAtomsCol B ############################################################# ## FEP PARAMETERS ## ############################################################# source ../fep.tcl alch on alchtype fep alchFile ../sodium.fep alchCol B alchOutFile alchemy.alchOutFile alchOutFreq 10 alchEquilSteps 1000 set nSteps 11000 set dLambda 0.1 runFEP 0.0 1.0 $dLambda $nSteps 我的psf是用alchemify生成的，nnb部分 1 NNB 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 .... 有什么问题吗？ [ Last edited by coolrainbow on 2010-4-19 at 07:56 ] |
5楼2010-04-19 07:37:26
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8楼2010-04-20 16:56:11
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