应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请问NAMD算自由能
51/1返回列表
查看: 885  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 coolrainbow 的 9 个金币
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

[交流] 【求助】请问NAMD算自由能 已有2人参与

我照着教程里面那个Born模型的例子做了一下，结果总是出现：

ETITLE:      TS           BOND          ANGLE          DIHED          IMPRP               ELECT            VDW       BOUNDARY           MISC        KINETIC               TOTAL           TEMP      POTENTIAL         TOTAL3        TEMPAVG            PRESSURE      GPRESSURE         VOLUME       PRESSAVG      GPRESSAVG

ENERGY:       0         0.0000         0.0000         0.0000         0.0000         -50748.4978 9999999999.9999         0.0000         0.0000 9999999999.9999      9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999      9999999999.9999 9999999999.9999     27000.0000 9999999999.9999 9999999999.9999

我怀疑是两个Na原子重叠导致的能量无穷大造成的，但是我是按照教程里面做的啊，怎么会这样了，请大家提提意见好吗？
回复此楼

» 猜你喜欢
技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
1楼 2010-04-14 09:37:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2010-04-18 17:40:13:
你拿什么算的自由能  ABF，FEP, or MCTI??

我用的是fep，按照A Tutorial on Alchemical Free Energy Perturbation Calculations in NAMD的第二个例子做的，可是怎么也做不好，总是能量无穷大，可是按照他的例子做的啊，诡异~~
赞一下 回复此楼
技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
3楼2010-04-18 18:42:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

superdirac

木虫 (正式写手)
★
coolrainbow(金币+1):谢谢回复 2010-04-18 18:40
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-18 22:23
你拿什么算的自由能  ABF，FEP, or MCTI??
赞一下(1人) 回复此楼
我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
2楼2010-04-18 17:40:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-18 22:23
namd 2.6 和 namd 2.７b2.对待 FEP的时候差别很大的！
　那你是用的那个？？
赞一下(1人) 回复此楼
我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
4楼2010-04-18 20:57:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2010-04-18 20:57:14:
namd 2.6 和 namd 2.７b2.对待 FEP的时候差别很大的！
　那你是用的那个？？

我用的是我自己编译的namd2.7b2，用intel+mpich2编译的
conf文件是：
##########################################################

fixedAtoms on
fixedAtomsFile ../sodium.fep
fixedAtomsCol B

#############################################################
## FEP  PARAMETERS                                         ##
#############################################################

source ../fep.tcl

alch on
alchtype fep
alchFile ../sodium.fep
alchCol B
alchOutFile alchemy.alchOutFile
alchOutFreq 10
alchEquilSteps 1000
set nSteps 11000
set dLambda 0.1

runFEP 0.0 1.0 $dLambda $nSteps

我的psf是用alchemify生成的，nnb部分
       1 NNB
       1
       0       1       1       1       1       1       1       1
       1       1       1       1       1       1       1       1
       1       1       1       1       1       1       1       1
       1       1       1       1       1       1       1       1
       1       1       1       1       1       1       1       1
       1       1       1       1       1       1       1       1
....

有什么问题吗？

[ Last edited by coolrainbow on 2010-4-19 at 07:56 ]
赞一下 回复此楼
技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
5楼2010-04-19 07:37:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 302求调剂 +5 呼呼呼。。。。 2026-03-17 5/250 2026-03-17 22:54 by lbsjt
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +3 脱颖而出 2026-03-16 6/300 2026-03-17 21:19 by z1z2z3879
[考研] 材料与化工求调剂 +6 为学666 2026-03-16 6/300 2026-03-17 20:15 by peike
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +3 生物工程调剂 2026-03-16 8/400 2026-03-17 19:03 by Wangjingyue
[考研] 材料专硕326求调剂 +6 墨煜姒莘 2026-03-15 7/350 2026-03-17 17:10 by ruiyingmiao
[考博] 26申博 +4 八旬速览 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[考研] 333求调剂 +3 文思客 2026-03-16 7/350 2026-03-16 18:21 by 文思客
[考研] 环境工程调剂 +6 大可digkids 2026-03-16 6/300 2026-03-16 17:16 by barlinike
[考研] 中科院材料273求调剂 +4 yzydy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 15:59 by Gaodh_82
[考研] 材料080500调剂求收留 +3 一颗meteor 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:54 by peike
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +5 ZY-05 2026-03-13 6/300 2026-03-14 10:51 by Jy?
[考研] 308 085701 四六级已过求调剂 +7 温乔乔乔乔 2026-03-12 14/700 2026-03-14 10:49 by JourneyLucky
[考研] 279求调剂 +3 Dizzy123@ 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:02 by JourneyLucky
[考研] 337一志愿华南理工0805材料求调剂 +7 mysdl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 22:43 by JourneyLucky
[考研] 0703，333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] 307求调剂 +5 超级伊昂大王 2026-03-12 5/250 2026-03-13 15:56 by 棒棒球手
[考研] 工科278分求调剂 +5 周慢热啊 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考研] 材料301分求调剂 +5 Liyouyumairs 2026-03-12 5/250 2026-03-13 14:42 by JourneyLucky
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +3 d如愿上岸 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:43 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭