| 查看: 834 | 回复: 8 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 coolrainbow 的 9 个金币 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
coolrainbow木虫 (著名写手)
未来国家冻凉
|
[交流]
【求助】请问NAMD算自由能已有2人参与
|
||
|
我照着教程里面那个Born模型的例子做了一下，结果总是出现： ETITLE: TS BOND ANGLE DIHED IMPRP ELECT VDW BOUNDARY MISC KINETIC TOTAL TEMP POTENTIAL TOTAL3 TEMPAVG PRESSURE GPRESSURE VOLUME PRESSAVG GPRESSAVG ENERGY: 0 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 -50748.4978 9999999999.9999 0.0000 0.0000 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 9999999999.9999 27000.0000 9999999999.9999 9999999999.9999 我怀疑是两个Na原子重叠导致的能量无穷大造成的，但是我是按照教程里面做的啊，怎么会这样了，请大家提提意见好吗？ |
回复此楼» 猜你喜欢
Springer期刊投稿求助
已经有4人回复
-
读博
已经有3人回复
-
博士读完未来一定会好吗
已经有10人回复
-
小论文投稿
已经有3人回复
-
Bioresource Technology期刊，第一次返修的时候被退回好几次了
已经有9人回复
-
心脉受损
已经有3人回复
-
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗
已经有8人回复
-
申请2026年博士
已经有6人回复
-
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。
已经有5人回复
coolrainbow
木虫 (著名写手)
未来国家冻凉
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 0.1
- 金币: 3979.5
- 散金: 10
- 红花: 50
- 帖子: 1137
- 在线: 272.3小时
- 虫号: 239560
- 注册: 2006-04-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2010-04-18 18:42:35
coolrainbow
木虫 (著名写手)
未来国家冻凉
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 0.1
- 金币: 3979.5
- 散金: 10
- 红花: 50
- 帖子: 1137
- 在线: 272.3小时
- 虫号: 239560
- 注册: 2006-04-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
|
我用的是我自己编译的namd2.7b2，用intel+mpich2编译的 conf文件是： ########################################################## fixedAtoms on fixedAtomsFile ../sodium.fep fixedAtomsCol B ############################################################# ## FEP PARAMETERS ## ############################################################# source ../fep.tcl alch on alchtype fep alchFile ../sodium.fep alchCol B alchOutFile alchemy.alchOutFile alchOutFreq 10 alchEquilSteps 1000 set nSteps 11000 set dLambda 0.1 runFEP 0.0 1.0 $dLambda $nSteps 我的psf是用alchemify生成的，nnb部分 1 NNB 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 .... 有什么问题吗？ [ Last edited by coolrainbow on 2010-4-19 at 07:56 ] |
5楼2010-04-19 07:37:26
coolrainbow
木虫 (著名写手)
未来国家冻凉
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 0.1
- 金币: 3979.5
- 散金: 10
- 红花: 50
- 帖子: 1137
- 在线: 272.3小时
- 虫号: 239560
- 注册: 2006-04-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
7楼2010-04-19 09:27:59