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lascqy

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】vasp5.2异常退出的问题 已有9人参与

刚刚用上VASP,遇到一个特别奇怪的问题,请教高手~
最近在搭建平台过程中,遇到这样的问题
环境:red hat enterprise 5.4
          intel C++ and fortran compiler:11.1.069
          intel MKL:10.2.4.032
          MPI:intel MPI3.2.011
BLAS、LAPACK、FFT3D均采用intel MKL中的
出现这样的错误:当INCAR中精度采用Medium的话,采用14个核以下
mpiexec -n 14 ./vasp
就可以正常计算
当15个核以上,就会出现类似以下错误
rank 2 in job 1 node1_55228 caused collective abort of all ranks
exit status of rank 2: killed by signal 9
当精度调至Accurate时,无论使用多少个核均会退出。
开始以为是MPI的问题,后来发现,当不使用MPI运行,直接运行
./vasp
如果是Medium就可以正常计算,但如果是Accurate精度就会报
segmentation fault
退出

后来经过进一步研究发现,同样的编译和输入文件,在vasp4.6中,各种设置均可以完美运行,在5.2中就出现以上错误,难道是vasp5.2有什么设置不同?
望高手或者有遇见相同情况的给点建议

PS:貌似调节MPI_BLOCK的值会略有不同,但还是会报错~
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+2):谢谢交流! 2010-04-17 10:18
用低一点版本编译试一下,我们的集群一直用v9的intel compiler编译似乎没有什么问题。
另检查一下用户配置是否正确,直接用ssh在各可能用到的节点试一下,有时系统换硬盘什么的可户忘了更新known_hosts, 尽管登录时有提示,但很多人根本不看管理员给出信息。

[ Last edited by bluewhale on 2010-4-16 at 22:18 ]
4楼2010-04-16 22:10:41
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查看全部 17 个回答

y1ding

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+1):谢谢参与! 2010-04-14 07:55
引用回帖:
Originally posted by lascqy at 2010-04-13 23:28:18:
刚刚用上VASP,遇到一个特别奇怪的问题,请教高手~
最近在搭建平台过程中,遇到这样的问题
环境:red hat enterprise 5.4
          intel C++ and fortran compiler:11.1.069
          intel MKL:10.2.4.032 ...

我们也遇到这个情况。而且比你的还要复杂,编译出来的vasp5,有的账号能算,有的账号就出现类似于你的错误。而vasp4则没有问题。
似乎和用户的某些设置有关。但是不知道什么原因。
2楼2010-04-13 23:59:01
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lxbyf

铁虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
恩,我这里也遇到这样的情况,貌似跟用户有点关系,之前我的账号算4.6都好好的,编译了5.2就出现这样的情况,而其他人就可以算,最后只好重建一个新账号来用5.2算,就没有问题了,求解答~~~
3楼2010-04-16 21:03:15
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lascqy

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by bluewhale at 2010-04-16 22:10:41:
用低一点版本编译试一下,我们的集群一直用v9的intel compiler编译似乎没有什么问题。
另检查一下用户配置是否正确,直接用ssh在各可能用到的节点试一下,有时系统换硬盘什么的可户忘了更新known_hosts, 尽管登录 ...

恩,我换低版本的试试
ssh肯定是没问题的,全部都通过无密码访问的方式配置,NFS共享一个用户目录,所以所有节点互访无问题的,另外忘了说明,好像我自己写的文件有点奇怪,明明是1个group,20个节点,而vasp运行开始的提示却是
1node , 20group
不知道这个是不是反应了一些错误,难道是输入文件的问题??
5楼2010-04-17 21:20:14
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