24小时热门版块排行榜    

查看: 3628  |  回复: 16
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

lascqy

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】vasp5.2异常退出的问题 已有9人参与

刚刚用上VASP,遇到一个特别奇怪的问题,请教高手~
最近在搭建平台过程中,遇到这样的问题
环境:red hat enterprise 5.4
          intel C++ and fortran compiler:11.1.069
          intel MKL:10.2.4.032
          MPI:intel MPI3.2.011
BLAS、LAPACK、FFT3D均采用intel MKL中的
出现这样的错误:当INCAR中精度采用Medium的话,采用14个核以下
mpiexec -n 14 ./vasp
就可以正常计算
当15个核以上,就会出现类似以下错误
rank 2 in job 1 node1_55228 caused collective abort of all ranks
exit status of rank 2: killed by signal 9
当精度调至Accurate时,无论使用多少个核均会退出。
开始以为是MPI的问题,后来发现,当不使用MPI运行,直接运行
./vasp
如果是Medium就可以正常计算,但如果是Accurate精度就会报
segmentation fault
退出

后来经过进一步研究发现,同样的编译和输入文件,在vasp4.6中,各种设置均可以完美运行,在5.2中就出现以上错误,难道是vasp5.2有什么设置不同?
望高手或者有遇见相同情况的给点建议

PS:貌似调节MPI_BLOCK的值会略有不同,但还是会报错~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lxbyf

铁虫 (初入文坛)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
恩,我这里也遇到这样的情况,貌似跟用户有点关系,之前我的账号算4.6都好好的,编译了5.2就出现这样的情况,而其他人就可以算,最后只好重建一个新账号来用5.2算,就没有问题了,求解答~~~
3楼2010-04-16 21:03:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答

y1ding

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+1):谢谢参与! 2010-04-14 07:55
引用回帖:
Originally posted by lascqy at 2010-04-13 23:28:18:
刚刚用上VASP,遇到一个特别奇怪的问题,请教高手~
最近在搭建平台过程中,遇到这样的问题
环境:red hat enterprise 5.4
          intel C++ and fortran compiler:11.1.069
          intel MKL:10.2.4.032 ...

我们也遇到这个情况。而且比你的还要复杂,编译出来的vasp5,有的账号能算,有的账号就出现类似于你的错误。而vasp4则没有问题。
似乎和用户的某些设置有关。但是不知道什么原因。
2楼2010-04-13 23:59:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+2):谢谢交流! 2010-04-17 10:18
用低一点版本编译试一下,我们的集群一直用v9的intel compiler编译似乎没有什么问题。
另检查一下用户配置是否正确,直接用ssh在各可能用到的节点试一下,有时系统换硬盘什么的可户忘了更新known_hosts, 尽管登录时有提示,但很多人根本不看管理员给出信息。

[ Last edited by bluewhale on 2010-4-16 at 22:18 ]
4楼2010-04-16 22:10:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lascqy

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by bluewhale at 2010-04-16 22:10:41:
用低一点版本编译试一下,我们的集群一直用v9的intel compiler编译似乎没有什么问题。
另检查一下用户配置是否正确,直接用ssh在各可能用到的节点试一下,有时系统换硬盘什么的可户忘了更新known_hosts, 尽管登录 ...

恩,我换低版本的试试
ssh肯定是没问题的,全部都通过无密码访问的方式配置,NFS共享一个用户目录,所以所有节点互访无问题的,另外忘了说明,好像我自己写的文件有点奇怪,明明是1个group,20个节点,而vasp运行开始的提示却是
1node , 20group
不知道这个是不是反应了一些错误,难道是输入文件的问题??
5楼2010-04-17 21:20:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了,离AI做有机合成还有多远? +3 wangyl_123 2026-10-10 6/300 2026-10-11 15:04 by Abin0406
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷!
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么? +3 好运来~9527 2026-10-10 5/250 2026-10-11 09:00 by 好运来~9527
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬,路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费,对账才发现官费比别人多掏了一倍 +5 13108017953 2026-10-08 5/250 2026-10-10 11:15 by wdwd123
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些? +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
请填处理意见