24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lascqy

银虫 (小有名气)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 239.7
散金: 1
红花: 3
帖子: 78
在线: 33.7小时
虫号: 804362
注册: 2009-07-06
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

[交流] 【求助】vasp5.2异常退出的问题已有9人参与

刚刚用上VASP，遇到一个特别奇怪的问题，请教高手~
最近在搭建平台过程中,遇到这样的问题
环境：red hat enterprise 5.4
      intel C++ and fortran compiler:11.1.069
      intel MKL:10.2.4.032
      MPI:intel MPI3.2.011
BLAS、LAPACK、FFT3D均采用intel MKL中的
出现这样的错误：当INCAR中精度采用Medium的话，采用14个核以下
mpiexec -n 14 ./vasp
就可以正常计算
当15个核以上，就会出现类似以下错误
rank 2 in job 1 node1_55228 caused collective abort of all ranks
exit status of rank 2: killed by signal 9
当精度调至Accurate时，无论使用多少个核均会退出。
开始以为是MPI的问题，后来发现，当不使用MPI运行，直接运行
./vasp
如果是Medium就可以正常计算，但如果是Accurate精度就会报
segmentation fault
退出

后来经过进一步研究发现，同样的编译和输入文件，在vasp4.6中，各种设置均可以完美运行，在5.2中就出现以上错误，难道是vasp5.2有什么设置不同？
望高手或者有遇见相同情况的给点建议

PS：貌似调节MPI_BLOCK的值会略有不同，但还是会报错~

回复此楼

» 猜你喜欢

论文终于录用啦！满足毕业条件了已经有4人回复
2025年遐想已经有4人回复
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球已经有8人回复
自然科学基金委宣布启动申请书“瘦身提质”行动已经有4人回复
求个博导看看已经有18人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

vasp5.2计算光学性质已经有22人回复
vasp5.2光学计算中怎么加入scissor operation? 已经有13人回复
vasp5.2 openmpi+intel+mkl编译，能量正值问题已经有7人回复
vasp5.2计算误差太大已经有11人回复
vsap 5.2 环境和编译问题已经有14人回复
VASP 5.2 集群编译错误 undefined reference to `MAIN__' 已经有8人回复
vasp5.2 并行编译如何修改makefile 已经有5人回复
vasp5.2的编译问题非常感谢！！已经有14人回复
【求助】Vasp5.2 计算介电常数的问题！已经有15人回复
【求助】VASP5.2 编译出错make: *** [vasp] 错误 1,请大家帮忙分析分析,谢谢已经有7人回复
【求助成功】vasp5.2并行安装不上已经有18人回复
【求助】vasp 5.2中用HSE06计算不能进入主循环已经有7人回复
【求助】vasp5.2光学性质问题已经有18人回复
【求助】关于vasp 5.2 的版权问题已经有23人回复
【求助】vasp5.2 在centos linux上的编译已经有22人回复

1楼 2010-04-13 23:28:18

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

lascqy

银虫 (小有名气)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 239.7
散金: 1
红花: 3
帖子: 78
在线: 33.7小时
虫号: 804362
注册: 2009-07-06
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

引用回帖:

Originally posted by bluewhale at 2010-04-16 22:10:41:
用低一点版本编译试一下，我们的集群一直用v9的intel compiler编译似乎没有什么问题。
另检查一下用户配置是否正确，直接用ssh在各可能用到的节点试一下，有时系统换硬盘什么的可户忘了更新known_hosts, 尽管登录 ...

恩，我换低版本的试试
ssh肯定是没问题的，全部都通过无密码访问的方式配置，NFS共享一个用户目录，所以所有节点互访无问题的，另外忘了说明，好像我自己写的文件有点奇怪，明明是1个group，20个节点，而vasp运行开始的提示却是
1node ， 20group
不知道这个是不是反应了一些错误，难道是输入文件的问题？？

赞一下

回复此楼

5楼2010-04-17 21:20:14

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

lascqy

银虫 (小有名气)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 239.7
散金: 1
红花: 3
帖子: 78
在线: 33.7小时
虫号: 804362
注册: 2009-07-06
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

引用回帖:

Originally posted by bluewhale at 2010-04-18 00:06:27:
将你的提交脚本粘上来看一看！
我们的4.6和5.2都很正常。

如下，如果方便的话你能不能提供一个你能用较大体系的计算文件我试试，这样就知道是不是输入文件的问题了，谢了
INCAR
SYSTEM=Snv
CUTOFF=340
ISTART=0;
ICHARG=2
ISMEAR=1;
SIGMA=0.2
NSW=100;
IBRION=2
ISIF=3
POTIM=0.2
EDIFF=5E-6;
EDIFFG=5E-5
PREC=Accurate
LREAL=.FALSE.
GGA=PE

KPOINTS
Automatic mesh
0
Monkhorst-Pack
2  2  4
0  0  0

POSCAR
Snv
1.0
11.660000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
0.000000000000000    11.660000000000000    0.000000000000000
0.000000000000000    0.000000000000000    6.360000000000000
31
  Direct
  -0.0000000000000000  -0.0000000000000000 0.0000000000000000
0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000
  -0.0000000000000000 0.2500000000000000 0.1250000000000000
0.2500000000000000  -0.0000000000000000 0.3750000000000000
0.5000000000000000  -0.0000000000000000 0.0000000000000000
0.7500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000
0.5000000000000000 0.2500000000000000 0.1250000000000000
0.7500000000000000  -0.0000000000000000 0.3750000000000000
  -0.0000000000000000 0.5000000000000000 0.0000000000000000
0.2500000000000000 0.7500000000000000 0.2500000000000000
  -0.0000000000000000 0.7500000000000000 0.1250000000000000
0.2500000000000000 0.5000000000000000 0.3750000000000000
0.5000000000000000 0.5000000000000000 0.0000000000000000
0.7500000000000000 0.7500000000000000 0.2500000000000000
0.5000000000000000 0.7500000000000000 0.1250000000000000
0.7500000000000000 0.5000000000000000 0.3750000000000000
  -0.0000000000000000  -0.0000000000000000 0.5000000000000000
0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.7500000000000000
  -0.0000000000000000 0.2500000000000000 0.6250000000000000
0.2500000000000000  -0.0000000000000000 0.8750000000000000
0.5000000000000000  -0.0000000000000000 0.5000000000000000
0.7500000000000000 0.2500000000000000 0.7500000000000000
0.5000000000000000 0.2500000000000000 0.6250000000000000
0.7500000000000000  -0.0000000000000000 0.8750000000000000
  -0.0000000000000000 0.5000000000000000 0.5000000000000000
0.2500000000000000 0.7500000000000000 0.7500000000000000
  -0.0000000000000000 0.7500000000000000 0.6250000000000000
0.2500000000000000 0.5000000000000000 0.8750000000000000
0.7500000000000000 0.7500000000000000 0.7500000000000000
0.5000000000000000 0.7500000000000000 0.6250000000000000
0.7500000000000000 0.5000000000000000 0.8750000000000000

POTCAR为vasp自带的Sn赝势文件

赞一下

回复此楼

8楼2010-04-18 19:08:30

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖