应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【其他】bay_gulf的大作
111/2返回列表12下一页
查看: 1192  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

superdirac

木虫 (正式写手)

[交流] 【其他】bay_gulf的大作 已有4人参与

Molecular Dynamics Simulation for the Structure of the Water Chain in a Transmembrane Peptide Nanotube

J. Phys. Chem. A, 2010, 114 (6), pp 2376–2383
回复此楼

» 猜你喜欢
我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
1楼 2010-04-11 10:54:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢，赶紧去拜读大作。 2010-04-11 13:02
入门文章而已, 深度太浅
我做跨膜水通道, 希望能和做膜蛋白和水通道的会员多多交流
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-04-11 12:12:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-04-11 12:12:11:
入门文章而已, 深度太浅
我做跨膜水通道, 希望能和做膜蛋白和水通道的会员多多交流

虽然一些技术上的细节不明白，但是我发现这篇文章我居然大概看懂了。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-04-11 12:22:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-04-11 12:12:11:
入门文章而已, 深度太浅
我做跨膜水通道, 希望能和做膜蛋白和水通道的会员多多交流

顺便问一下小bay，在MS中的一些模块，例如DISCOVER之类能实现NAMD的功能吗？
我们有这些模块的使用权，如果可以的话，我们小组也可以在分子动力学上灌点水。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-04-11 12:32:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-04-11 13:02
引用回帖:
Originally posted by yzcluster at 2010-04-11 12:32:18:
顺便问一下小bay，在MS中的一些模块，例如DISCOVER之类能实现NAMD的功能吗？
我们有这些模块的使用权，如果可以的话，我们小组也可以在分子动力学上灌点水。

MS 的discover 和forcite 是MD 模块, 可以实现namd 的大多数功能
优点是上手简单, 但这不算优势
缺点是速度慢, 灵活性不高

namd/charmm/gmx/amber 等专注于生物体系运算,
lammps 等专注于硬物质计算, 对于其它体系是要费很大力气的
MS 独有的compass 力场可以处理绝大部分的有机物和高分子,
这也是目前MS-discover/forcite 用得较多的领域
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-04-11 12:45:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢参与 2010-04-11 20:40
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-04-11 12:45:00:

MS 的discover 和forcite 是MD 模块, 可以实现namd 的大多数功能
优点是上手简单, 但这不算优势
缺点是速度慢, 灵活性不高

namd/charmm/gmx/amber 等专注于生物体系运算,
lammps 等专注于硬物质计算, 对于 ...

感谢回复。
我个人觉得从物理角度来说经典MD似乎不需要太多微观理论的东西（当然这种感觉可能不对，因为毕竟没有做过具体的工作）。我们小组目前也是从我刚开展第一原理的计算。我的打算是这样，先在第一原理上做一些东西，这一步目前以略见成效。下一步，就是第一原理分子动力学。在往下，就是经典MD。这样从微观到介观的体系都有相应的理论处理，这种打算已被老板同意，资金倒不是太大问题。
现在我们在MS中有两个经典模块，DISCOVER, Amorphous Cell和两个量子模块，即DMOL和CASTEP。你觉得在经典动力学范围内，还要不要买其他模块？
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-04-11 12:55:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
现在我看MS中基于力场方法的模块有将近十来个，好像功能都差不多。但是这个肯定是有差别的，但是这些差别目前我还不能体会到。如果有什么好建议，还请赐教。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-04-11 13:00:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-04-11 13:12
引用回帖:
Originally posted by yzcluster at 2010-04-11 12:55:15:
感谢回复。
我个人觉得从物理角度来说经典MD似乎不需要太多微观理论的东西（当然这种感觉可能不对，因为毕竟没有做过具体的工作）。我们小组目前也是从我刚开展第一原理的计算。我的打算是这样，先在第一原理上做一些东西，这一步目前以略见成效。下一步，就是第一原理分子动力学。在往下，就是经典MD。这样从微观到介观的体系都有相应的理论处理，这种打算已被老板同意，资金倒不是太大问题。
现在我们在MS中有两个经典模块，DISCOVER, Amorphous Cell和两个量子模块，即DMOL和CASTEP。你觉得在经典动力学范围内，还要不要买其他模块？

经典MD 同第一原理的理论基础不同, 第一原理是量子力学,物质结构的计算机实现, 经典MD 是统计力学(应是玻父的气体动理论)的计算机实现. MD 尽管着眼于微观体系, 但同第一原理差别还是较大的, 它期望得到的是体系宏观的性质.
至于MS 的模块, 那个AC 感觉就是给discover 建模用的, 自身的计算功能十分有限, 且使用的也是discover 引擎, 功能被discover 包含.forcite 功能同discover 重复, 有discover 就不用这个了. 如果还是想在经典MD 上做些东西出来, MS 之外还有若干很好的,免费的软件.
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2010-04-11 13:08:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
BAY先生作膜的怎么发个JPCA？？这个完全可以发JPCB或者J.BIO.PHYS啊。。。
赞一下(1人) 回复此楼
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
9楼2010-04-11 20:35:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-12 10:04
引用回帖:
Originally posted by qzhaosdu at 2010-04-11 20:35:24:
BAY先生作膜的怎么发个JPCA？？这个完全可以发JPCB或者J.BIO.PHYS啊。。。

cplett被拒, BioPhys Chem被拒, 想投B不敢呐,
JPC的老大GCS 也做过类似的体系(JPCA 2009, 113, 4780), 就找这个了.
赞一下(2人) 回复此楼
10楼2010-04-11 22:18:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 superdirac 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭