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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【其他】bay_gulf的大作
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superdirac

木虫 (正式写手)

[交流] 【其他】bay_gulf的大作 已有4人参与

Molecular Dynamics Simulation for the Structure of the Water Chain in a Transmembrane Peptide Nanotube

J. Phys. Chem. A, 2010, 114 (6), pp 2376–2383
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
1楼 2010-04-11 10:54:15
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢，赶紧去拜读大作。 2010-04-11 13:02
入门文章而已, 深度太浅
我做跨膜水通道, 希望能和做膜蛋白和水通道的会员多多交流
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2楼2010-04-11 12:12:11
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yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人
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Originally posted by bay__gulf at 2010-04-11 12:12:11:
入门文章而已, 深度太浅
我做跨膜水通道, 希望能和做膜蛋白和水通道的会员多多交流

虽然一些技术上的细节不明白，但是我发现这篇文章我居然大概看懂了。
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3楼2010-04-11 12:22:56
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yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人
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Originally posted by bay__gulf at 2010-04-11 12:12:11:
入门文章而已, 深度太浅
我做跨膜水通道, 希望能和做膜蛋白和水通道的会员多多交流

顺便问一下小bay，在MS中的一些模块，例如DISCOVER之类能实现NAMD的功能吗？
我们有这些模块的使用权，如果可以的话，我们小组也可以在分子动力学上灌点水。
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4楼2010-04-11 12:32:18
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-04-11 13:02
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Originally posted by yzcluster at 2010-04-11 12:32:18:
顺便问一下小bay，在MS中的一些模块，例如DISCOVER之类能实现NAMD的功能吗？
我们有这些模块的使用权，如果可以的话，我们小组也可以在分子动力学上灌点水。

MS 的discover 和forcite 是MD 模块, 可以实现namd 的大多数功能
优点是上手简单, 但这不算优势
缺点是速度慢, 灵活性不高

namd/charmm/gmx/amber 等专注于生物体系运算,
lammps 等专注于硬物质计算, 对于其它体系是要费很大力气的
MS 独有的compass 力场可以处理绝大部分的有机物和高分子,
这也是目前MS-discover/forcite 用得较多的领域
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5楼2010-04-11 12:45:00
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yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人
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lei0736(金币+2):谢谢参与 2010-04-11 20:40
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-04-11 12:45:00:

MS 的discover 和forcite 是MD 模块, 可以实现namd 的大多数功能
优点是上手简单, 但这不算优势
缺点是速度慢, 灵活性不高

namd/charmm/gmx/amber 等专注于生物体系运算,
lammps 等专注于硬物质计算, 对于 ...

感谢回复。
我个人觉得从物理角度来说经典MD似乎不需要太多微观理论的东西（当然这种感觉可能不对，因为毕竟没有做过具体的工作）。我们小组目前也是从我刚开展第一原理的计算。我的打算是这样，先在第一原理上做一些东西，这一步目前以略见成效。下一步，就是第一原理分子动力学。在往下，就是经典MD。这样从微观到介观的体系都有相应的理论处理，这种打算已被老板同意，资金倒不是太大问题。
现在我们在MS中有两个经典模块，DISCOVER, Amorphous Cell和两个量子模块，即DMOL和CASTEP。你觉得在经典动力学范围内，还要不要买其他模块？
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6楼2010-04-11 12:55:15
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yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人
★
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现在我看MS中基于力场方法的模块有将近十来个，好像功能都差不多。但是这个肯定是有差别的，但是这些差别目前我还不能体会到。如果有什么好建议，还请赐教。
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7楼2010-04-11 13:00:22
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
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ghcacj(金币+4):谢谢 2010-04-11 13:12
引用回帖:
Originally posted by yzcluster at 2010-04-11 12:55:15:
感谢回复。
我个人觉得从物理角度来说经典MD似乎不需要太多微观理论的东西（当然这种感觉可能不对，因为毕竟没有做过具体的工作）。我们小组目前也是从我刚开展第一原理的计算。我的打算是这样，先在第一原理上做一些东西，这一步目前以略见成效。下一步，就是第一原理分子动力学。在往下，就是经典MD。这样从微观到介观的体系都有相应的理论处理，这种打算已被老板同意，资金倒不是太大问题。
现在我们在MS中有两个经典模块，DISCOVER, Amorphous Cell和两个量子模块，即DMOL和CASTEP。你觉得在经典动力学范围内，还要不要买其他模块？

经典MD 同第一原理的理论基础不同, 第一原理是量子力学,物质结构的计算机实现, 经典MD 是统计力学(应是玻父的气体动理论)的计算机实现. MD 尽管着眼于微观体系, 但同第一原理差别还是较大的, 它期望得到的是体系宏观的性质.
至于MS 的模块, 那个AC 感觉就是给discover 建模用的, 自身的计算功能十分有限, 且使用的也是discover 引擎, 功能被discover 包含.forcite 功能同discover 重复, 有discover 就不用这个了. 如果还是想在经典MD 上做些东西出来, MS 之外还有若干很好的,免费的软件.
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8楼2010-04-11 13:08:47
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★
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BAY先生作膜的怎么发个JPCA？？这个完全可以发JPCB或者J.BIO.PHYS啊。。。
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
9楼2010-04-11 20:35:24
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-12 10:04
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Originally posted by qzhaosdu at 2010-04-11 20:35:24:
BAY先生作膜的怎么发个JPCA？？这个完全可以发JPCB或者J.BIO.PHYS啊。。。

cplett被拒, BioPhys Chem被拒, 想投B不敢呐,
JPC的老大GCS 也做过类似的体系(JPCA 2009, 113, 4780), 就找这个了.
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10楼2010-04-11 22:18:30
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