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superdirac木虫 (正式写手)
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Molecular Dynamics Simulation for the Structure of the Water Chain in a Transmembrane Peptide Nanotube J. Phys. Chem. A, 2010, 114 (6), pp 2376–2383 |
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bay__gulf
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5楼2010-04-11 12:45:00
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lei0736(金币+2):谢谢参与 2010-04-11 20:40
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lei0736(金币+2):谢谢参与 2010-04-11 20:40
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感谢回复。 我个人觉得从物理角度来说经典MD似乎不需要太多微观理论的东西（当然这种感觉可能不对，因为毕竟没有做过具体的工作）。我们小组目前也是从我刚开展第一原理的计算。我的打算是这样，先在第一原理上做一些东西，这一步目前以略见成效。下一步，就是第一原理分子动力学。在往下，就是经典MD。这样从微观到介观的体系都有相应的理论处理，这种打算已被老板同意，资金倒不是太大问题。 现在我们在MS中有两个经典模块，DISCOVER, Amorphous Cell和两个量子模块，即DMOL和CASTEP。你觉得在经典动力学范围内，还要不要买其他模块？  |
6楼2010-04-11 12:55:15
7楼2010-04-11 13:00:22
bay__gulf
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ghcacj(金币+4):谢谢 2010-04-11 13:12
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经典MD 同第一原理的理论基础不同, 第一原理是量子力学,物质结构的计算机实现, 经典MD 是统计力学(应是玻父的气体动理论)的计算机实现. MD 尽管着眼于微观体系, 但同第一原理差别还是较大的, 它期望得到的是体系宏观的性质. 至于MS 的模块, 那个AC 感觉就是给discover 建模用的, 自身的计算功能十分有限, 且使用的也是discover 引擎, 功能被discover 包含.forcite 功能同discover 重复, 有discover 就不用这个了. 如果还是想在经典MD 上做些东西出来, MS 之外还有若干很好的,免费的软件. |
8楼2010-04-11 13:08:47
qzhaosdu
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