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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【其他】bay_gulf的大作
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superdirac

木虫 (正式写手)

[交流] 【其他】bay_gulf的大作 已有4人参与

Molecular Dynamics Simulation for the Structure of the Water Chain in a Transmembrane Peptide Nanotube

J. Phys. Chem. A, 2010, 114 (6), pp 2376–2383
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
1楼 2010-04-11 10:54:15
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yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-04-11 12:12:11:
入门文章而已, 深度太浅
我做跨膜水通道, 希望能和做膜蛋白和水通道的会员多多交流

顺便问一下小bay，在MS中的一些模块，例如DISCOVER之类能实现NAMD的功能吗？
我们有这些模块的使用权，如果可以的话，我们小组也可以在分子动力学上灌点水。
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4楼2010-04-11 12:32:18
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢，赶紧去拜读大作。 2010-04-11 13:02
入门文章而已, 深度太浅
我做跨膜水通道, 希望能和做膜蛋白和水通道的会员多多交流
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2楼2010-04-11 12:12:11
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yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-04-11 12:12:11:
入门文章而已, 深度太浅
我做跨膜水通道, 希望能和做膜蛋白和水通道的会员多多交流

虽然一些技术上的细节不明白，但是我发现这篇文章我居然大概看懂了。
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3楼2010-04-11 12:22:56
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-04-11 13:02
引用回帖:
Originally posted by yzcluster at 2010-04-11 12:32:18:
顺便问一下小bay，在MS中的一些模块，例如DISCOVER之类能实现NAMD的功能吗？
我们有这些模块的使用权，如果可以的话，我们小组也可以在分子动力学上灌点水。

MS 的discover 和forcite 是MD 模块, 可以实现namd 的大多数功能
优点是上手简单, 但这不算优势
缺点是速度慢, 灵活性不高

namd/charmm/gmx/amber 等专注于生物体系运算,
lammps 等专注于硬物质计算, 对于其它体系是要费很大力气的
MS 独有的compass 力场可以处理绝大部分的有机物和高分子,
这也是目前MS-discover/forcite 用得较多的领域
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5楼2010-04-11 12:45:00
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