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superdirac

木虫 (正式写手)

[交流] 【其他】bay_gulf的大作 已有4人参与

Molecular Dynamics Simulation for the Structure of the Water Chain in a Transmembrane Peptide Nanotube

J. Phys. Chem. A, 2010, 114 (6), pp 2376–2383
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我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-04-11 13:12
引用回帖:
Originally posted by yzcluster at 2010-04-11 12:55:15:
感谢回复。
我个人觉得从物理角度来说经典MD似乎不需要太多微观理论的东西(当然这种感觉可能不对,因为毕竟没有做过具体的工作)。我们小组目前也是从我刚开展第一原理的计算。我的打算是这样,先在第一原理上做一些东西,这一步目前以略见成效。下一步,就是第一原理分子动力学。在往下,就是经典MD。这样从微观到介观的体系都有相应的理论处理,这种打算已被老板同意,资金倒不是太大问题。
现在我们在MS中有两个经典模块,DISCOVER, Amorphous Cell和两个量子模块,即DMOL和CASTEP。你觉得在经典动力学范围内,还要不要买其他模块?

经典MD 同第一原理的理论基础不同, 第一原理是量子力学,物质结构的计算机实现, 经典MD 是统计力学(应是玻父的气体动理论)的计算机实现. MD 尽管着眼于微观体系, 但同第一原理差别还是较大的, 它期望得到的是体系宏观的性质.
至于MS 的模块, 那个AC 感觉就是给discover 建模用的, 自身的计算功能十分有限, 且使用的也是discover 引擎, 功能被discover 包含.forcite 功能同discover 重复, 有discover 就不用这个了. 如果还是想在经典MD 上做些东西出来, MS 之外还有若干很好的,免费的软件.
8楼2010-04-11 13:08:47
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢,赶紧去拜读大作。 2010-04-11 13:02
入门文章而已, 深度太浅
我做跨膜水通道, 希望能和做膜蛋白和水通道的会员多多交流
2楼2010-04-11 12:12:11
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yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-04-11 12:12:11:
入门文章而已, 深度太浅
我做跨膜水通道, 希望能和做膜蛋白和水通道的会员多多交流

虽然一些技术上的细节不明白,但是我发现这篇文章我居然大概看懂了。
3楼2010-04-11 12:22:56
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yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-04-11 12:12:11:
入门文章而已, 深度太浅
我做跨膜水通道, 希望能和做膜蛋白和水通道的会员多多交流

顺便问一下小bay,在MS中的一些模块,例如DISCOVER之类能实现NAMD的功能吗?
我们有这些模块的使用权,如果可以的话,我们小组也可以在分子动力学上灌点水。
4楼2010-04-11 12:32:18
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