24小时热门版块排行榜

返回列表

当前主题已经存档。

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

superdirac

木虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 4269.5
散金: 33
红花: 2
帖子: 536
在线: 287.5小时
虫号: 522969
注册: 2008-03-12
专业: 理论和计算化学

[交流] 【其他】bay_gulf的大作已有4人参与

Molecular Dynamics Simulation for the Structure of the Water Chain in a Transmembrane Peptide Nanotube

J. Phys. Chem. A, 2010, 114 (6), pp 2376–2383

回复此楼

» 猜你喜欢

郑州大学申博已经有7人回复
关于核磁制样已经有3人回复

我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋

1楼 2010-04-11 10:54:15

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

模拟EPI: 8
应助: 9 (幼儿园)
贵宾: 4.85
金币: 2332.8
红花: 1
帖子: 1344
在线: 271小时
虫号: 592012
注册: 2008-09-03
专业: 理论和计算化学
管辖: 分子模拟

★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-04-11 13:12

引用回帖:

Originally posted by yzcluster at 2010-04-11 12:55:15:
感谢回复。
我个人觉得从物理角度来说经典MD似乎不需要太多微观理论的东西（当然这种感觉可能不对，因为毕竟没有做过具体的工作）。我们小组目前也是从我刚开展第一原理的计算。我的打算是这样，先在第一原理上做一些东西，这一步目前以略见成效。下一步，就是第一原理分子动力学。在往下，就是经典MD。这样从微观到介观的体系都有相应的理论处理，这种打算已被老板同意，资金倒不是太大问题。
现在我们在MS中有两个经典模块，DISCOVER, Amorphous Cell和两个量子模块，即DMOL和CASTEP。你觉得在经典动力学范围内，还要不要买其他模块？

经典MD 同第一原理的理论基础不同, 第一原理是量子力学,物质结构的计算机实现, 经典MD 是统计力学(应是玻父的气体动理论)的计算机实现. MD 尽管着眼于微观体系, 但同第一原理差别还是较大的, 它期望得到的是体系宏观的性质.
至于MS 的模块, 那个AC 感觉就是给discover 建模用的, 自身的计算功能十分有限, 且使用的也是discover 引擎, 功能被discover 包含.forcite 功能同discover 重复, 有discover 就不用这个了. 如果还是想在经典MD 上做些东西出来, MS 之外还有若干很好的,免费的软件.