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superdirac

木虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
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散金: 33
红花: 2
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在线: 287.5小时
虫号: 522969
注册: 2008-03-12
专业: 理论和计算化学

[交流] 【其他】bay_gulf的大作已有4人参与

Molecular Dynamics Simulation for the Structure of the Water Chain in a Transmembrane Peptide Nanotube

J. Phys. Chem. A, 2010, 114 (6), pp 2376–2383

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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋

1楼 2010-04-11 10:54:15

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人

应助: 0 (幼儿园)
贵宾: 0.459
金币: 86.9
红花: 9
帖子: 1813
在线: 23.1小时
虫号: 695829
注册: 2009-02-03
专业: 原子和分子物理
管辖: 量子化学

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢参与 2010-04-11 20:40

引用回帖:

Originally posted by bay__gulf at 2010-04-11 12:45:00:

MS 的discover 和forcite 是MD 模块, 可以实现namd 的大多数功能
优点是上手简单, 但这不算优势
缺点是速度慢, 灵活性不高

namd/charmm/gmx/amber 等专注于生物体系运算,
lammps 等专注于硬物质计算, 对于 ...

感谢回复。
我个人觉得从物理角度来说经典MD似乎不需要太多微观理论的东西（当然这种感觉可能不对，因为毕竟没有做过具体的工作）。我们小组目前也是从我刚开展第一原理的计算。我的打算是这样，先在第一原理上做一些东西，这一步目前以略见成效。下一步，就是第一原理分子动力学。在往下，就是经典MD。这样从微观到介观的体系都有相应的理论处理，这种打算已被老板同意，资金倒不是太大问题。
现在我们在MS中有两个经典模块，DISCOVER, Amorphous Cell和两个量子模块，即DMOL和CASTEP。你觉得在经典动力学范围内，还要不要买其他模块？