应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【分享】单点能
201/1返回列表
查看: 2348  |  回复: 19
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

zhaoxia2501

金虫 (小有名气)

[资源] 【分享】单点能

这几天写文章遇到一个单点能问题，向同学请教了才搞清楚，很多人都讲在输出文件中E(RHF)代表单点能，这个没错，可是我们所用的方法和基组不见得都和高斯中的例子一样，所以会在输出文件中出现E(RB+HF-LYP)等其他一些表示，其实这两种表示都表示单点能只是由于所用的方法和基组不同，还有一个找单点能最好的方法就是在输出文件最后的总结中找HF=xxxx。这个也是单点能。另外大家要注意找单点能时，一定要找最后一次优化时的E(RHF)或者E(RB+HF-LYP)。
这些问题虽然看起来很简单，但是对于我们这些green hands来说感到丈二和尚摸不着头脑，希望这点浅显说明对和我一样的新手有用。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

DSSC科研相关 量子化学的学习资料

» 猜你喜欢
1楼2010-03-19 16:15:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

3867826

木虫 (著名写手)
把你的OPT命令里面OPT关键字删了算 就是做单点
赞一下 回复此楼
2楼2010-03-19 16:29:06
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vigaryang

木虫 (正式写手)
有个问题：当我采用opt得到一个优化构型之后，再以该构型为初始构型计算freq的时候，为什么在计算频率一开始计算得到的单点能和之前opt输出文件最后给出的构型能量不一致？
赞一下 回复此楼
3楼2010-03-19 18:14:37
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoxia2501

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by vigaryang at 2010-03-19 18:14:37:
有个问题：当我采用opt得到一个优化构型之后，再以该构型为初始构型计算freq的时候，为什么在计算频率一开始计算得到的单点能和之前opt输出文件最后给出的构型能量不一致？

差别很大吗？我一般优化和频率计算一起做的
赞一下 回复此楼
4楼2010-03-19 19:56:35
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoxia2501

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by vigaryang at 2010-03-19 18:14:37:
有个问题：当我采用opt得到一个优化构型之后，再以该构型为初始构型计算freq的时候，为什么在计算频率一开始计算得到的单点能和之前opt输出文件最后给出的构型能量不一致？

这个问题我也不懂，请教一下高手吧！
赞一下 回复此楼
5楼2010-03-19 20:16:41
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhaoxia2501 at 2010-03-19 19:56:35:

差别很大吗？我一般优化和频率计算一起做的

不一定，一般是相差小数点后第七位。虽然不是很大，但按理说对于同一个构型，gaussian的计算应该是能完全重复的啊，咋会有差别呢。
赞一下 回复此楼
6楼2010-03-20 08:48:32
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

3867826

木虫 (著名写手)
★ ★
yjcmwgk(金币+2): 2010-04-01 17:17
什么叫做单点 真是悲剧啊
我跟你们一样 开始也没搞清楚 结果 笑话啊
    一般一个构型 先做单点 再优化 再算频率
   单点就是什么没加再什么方法基础上直接算
优化 就是比单点的命令多了 OPT
这个你再做交叉点IRC扫描 的时候就会明白！
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-03-20 08:52:24
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)
★ ★ ★
erylingjet(金币+3): 2010-04-01 17:58
引用回帖:
Originally posted by vigaryang at 2010-03-20 08:48:32:

不一定，一般是相差小数点后第七位。虽然不是很大，但按理说对于同一个构型，gaussian的计算应该是能完全重复的啊，咋会有差别呢。

以au作为单位，如果你的计算水平是b3lyp/6-31g(d)，采用默认收敛标准的话，那么对于opt的E来说，小数点后第6位就不可信了。对于单点计算的E来说，小数点后第5位就已经不可信了。
一定要注意不同计算方法的有效数字问题

记得有次审稿，有个家伙用b3lyp/6-31g*算东西，给出的能级（单位eV）是保留三位小数，键长（单位埃）保留三位小数，键角（单位度）保留两位小数。我忍了很久，没给他提出这个问题来，让他过了。其实我很想灭他

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-3-20 at 10:58 ]
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2010-03-20 10:54:28
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhaosdu

金虫 (著名写手)
版主大人。。。这个保留几位有效数字的问题也要看你是算的什么东西吧，不能以偏概全吧。。
赞一下 回复此楼
9楼2010-03-20 15:09:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoxia2501

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 3867826 at 2010-03-20 08:52:24:
什么叫做单点 真是悲剧啊
我跟你们一样 开始也没搞清楚 结果 笑话啊
    一般一个构型 先做单点 再优化 再算频率
   单点就是什么没加再什么方法基础上直接算
优化 就是比单点的命令多了 OPT
这个你再做交 ...

那我在做优化和频率计算的输出文件中找到的HF能量就不是单点能了吗？
我都糊涂了，难道只有什么关键词也没有（或者只加sp关键词的）输出文件中的HF才是单点能？
能不能用个gjf说明一下？
赞一下 回复此楼
10楼2010-03-20 16:57:41
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoxia2501

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-03-20 10:54:28:

以au作为单位，如果你的计算水平是b3lyp/6-31g(d)，采用默认收敛标准的话，那么对于opt的E来说，小数点后第6位就不可信了。对于单点计算的E来说，小数点后第5位就已经不可信了。
一定要注意不同计算方法的有效 ...

能不能详细的讲解一下计算中的有效数字该怎么取，我写文章正好也遇到这个问题了，或者哪里有这方面的资料提供一下也行。
赞一下 回复此楼
11楼2010-03-20 17:03:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by qzhaosdu at 2010-03-20 15:09:30:
版主大人。。。这个保留几位有效数字的问题也要看你是算的什么东西吧，不能以偏概全吧。。

赵大人说得对，呵呵。
算CHON体系，B3lyp/6-31g*算的构型，精确度还真能达到小数点后三位。不过算轻过渡金属和短周期非金属元素的配合物，恐怕只能达到小数点后两位了。如果算重过渡金属和短周期非金属元素的配合物，恐怕只能达到小数点后1位了。（单位nm）
赵大人给咱们版做专家顾问吧，行吗？
赞一下 回复此楼
12楼2010-03-20 18:38:08
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhaosdu

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-03-20 18:38:08:

赵大人说得对，呵呵。
算CHON体系，B3lyp/6-31g*算的构型，精确度还真能达到小数点后三位。不过算轻过渡金属和短周期非金属元素的配合物，恐怕只能达到小数点后两位了。如果算重过渡金属和短周期非金属元素的配 ...

我等gaussian初学者还是聆听诸位专家教诲吧。。。
赞一下 回复此楼
13楼2010-03-20 19:19:09
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+5): 2010-03-22 14:01
一定要把方法的准确度和数值计算精度两个概念分清。

迭代过程的收敛限小于小数点后几位，列出几位从原则上就没有问题，至于实际列出几位，与研究的问题有关。例如几何优化，高斯的tight收敛限之一是原子最大位移是0.000060 bohr，那么文章中列出小数点后四位是没有问题的。对于研究一些弱相互作用，距离要写到小数点后五位来减小舍入误差，这时就应当用very tight，若此时仍用tight标准，甚至default标准，数据相当于伪造的。

并不能因为方法可能不准确，而不允许列出某种精度的数据，有效数字只与收敛限（还包括变量类型等因素），而与方法无关。例如半经验方法，计算键长平均误差达到小数点后2位甚至1位（埃），但给出结果时一般仍列出两、三位，这是没有问题的，除非收敛限放得太宽。至于其结果准确不准确，可信不可信，那要靠读者根据经验自行判断。
赞一下(1人) 回复此楼
14楼2010-03-20 23:06:00
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2010-03-20 23:06:00:
一定要把方法的准确度和数值计算精度两个概念分清。

迭代过程的收敛限小于小数点后几位，列出几位从原则上就没有问题，至于实际列出几位，与研究的问题有关。例如几何优化，高斯的tight收敛限之一是原子最大位 ...

但是，sob专家，如果我用am1算了一个C-C键，然后我说这个键长为1.5679埃，不论是否加上了verytight，这恐怕仍旧不合适吧……

如果某人用am1算了一个C-C键，然后说这个键长为1.5679埃，很明显意味着他不知道am1的准确度呀。

小卒很敬仰sob专家，但是小卒却不得不说：抛开方法的准确度，空洞的谈论scf的准确度，恐怕没意义呢？您说呢sob专家？

总之如果让小卒来做am1计算，小卒可从来都会加上scf(conver=3或4)的sob专家您看，如果小卒写这么个命令# am1 opt scf(conver=7)，您看是不是很不可思议？

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-3-22 at 14:07 ]
赞一下 回复此楼
15楼2010-03-22 14:00:25
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+5):感谢sob专家的指点，俺受教了 2010-03-23 13:33
不管计算结果列出那么高精度有没有意义，但不能说他错，作者如实报道数据没有问题，因此而对作者发难我觉得不合适。列出多少位数据是在数值精度满足的前提下，根据文章研究内容而定，这没有约定俗成的规定。如果以方法在当前人们观念中的准确度为基准，这太含糊，主观性太强，而且有时代性因素，同一方法在前人和后人看来准确度也不同。AM1列出四位小数，我当年的导师发过的一篇关于抗冻蛋白的计算还恰好就这么做，虽然现在看来列出最后几位没什么意义，但我不认为他不知道半经验方法的局限性，他量化造诣极深。
赞一下(1人) 回复此楼
16楼2010-03-22 23:15:05
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caohuiming

铜虫 (初入文坛)
★ ★ ★
yjcmwgk(金币+3): 2010-04-01 17:18
看了小卒版主和sobereva  的讨论受教很深，但也有疑问。对于小卒的观点——视方法的基组来判断精确度应该取小数点后几位，然后还要考虑体系的影响。我很疑惑，如果真用B3lyp/6-31g*算重过渡金属和短周期非金属元素的配合物，就算真取小数点后1位了，那文章真的能发表？？版主真不灭他？？方法的准确度在衡量键长，能量等值的时候难道真有公认的标准的规定???   
我认为最初的方法基组的选取还是要先看体系来定，然后精确度考虑解决那种层次的问题来定，最后如果真要考虑有关能量两者细微差别的变化再考虑调整收敛限来满足目的。比如方法和基组是很高等级，但就是和研究体系的实验值差很大，就不用考虑精确度应该是取到四位还是五位的问题，直接换方法。
赞一下(1人) 回复此楼
17楼2010-03-26 11:18:00
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sculhf

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by zhaoxia2501 at 2010-03-20 16:57:41:

那我在做优化和频率计算的输出文件中找到的HF能量就不是单点能了吗？
我都糊涂了，难道只有什么关键词也没有（或者只加sp关键词的）输出文件中的HF才是单点能？
能不能用个gjf说明一下？

对于使用弥散的HF和DFT单点能计算 应该用SCF=TIGHT关键字
赞一下 回复此楼
18楼2010-03-26 21:50:56
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

569480531

金虫 (小有名气)
受益非浅，顶一下！
回复此楼
19楼2010-03-27 10:22:14
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by caohuiming at 2010-03-26 11:18:00:
看了小卒版主和sobereva  的讨论受教很深，但也有疑问。对于小卒的观点——视方法的基组来判断精确度应该取小数点后几位，然后还要考虑体系的影响。我很疑惑，如果真用B3lyp/6-31g*算重过渡金属和短周期非金属元素 ...

呵呵，那我还是灭他。因为这种情况下B3lyp/6-31g*根本不合适嘛……曾经见过一个杂志上，一群人用6-31g*算镧。我很奇怪这个文章居然能被发表。呵呵，不过是个小杂志。

方法和基组的选择经验，小卒在咱们区的区刊Research of Calculation and Simulation, 2010, Vol. 1, No. 1, Page 3-18上有讨论，该文的第二章第七节
赞一下(1人) 回复此楼
20楼2010-03-29 11:34:50
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhaoxia2501 的主题更新
201/1返回列表
☆ 无星级 ★ 一星级 ★★★ 三星级 ★★★★★ 五星级
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭