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【分享】单点能
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这几天写文章遇到一个单点能问题，向同学请教了才搞清楚，很多人都讲在输出文件中E(RHF)代表单点能，这个没错，可是我们所用的方法和基组不见得都和高斯中的例子一样，所以会在输出文件中出现E(RB+HF-LYP)等其他一些表示，其实这两种表示都表示单点能只是由于所用的方法和基组不同，还有一个找单点能最好的方法就是在输出文件最后的总结中找HF=xxxx。这个也是单点能。另外大家要注意找单点能时，一定要找最后一次优化时的E(RHF)或者E(RB+HF-LYP)。 这些问题虽然看起来很简单，但是对于我们这些green hands来说感到丈二和尚摸不着头脑，希望这点浅显说明对和我一样的新手有用。 |
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yjcmwgk(金币+5): 2010-03-22 14:01
yjcmwgk(金币+5): 2010-03-22 14:01
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一定要把方法的准确度和数值计算精度两个概念分清。 迭代过程的收敛限小于小数点后几位，列出几位从原则上就没有问题，至于实际列出几位，与研究的问题有关。例如几何优化，高斯的tight收敛限之一是原子最大位移是0.000060 bohr，那么文章中列出小数点后四位是没有问题的。对于研究一些弱相互作用，距离要写到小数点后五位来减小舍入误差，这时就应当用very tight，若此时仍用tight标准，甚至default标准，数据相当于伪造的。 并不能因为方法可能不准确，而不允许列出某种精度的数据，有效数字只与收敛限（还包括变量类型等因素），而与方法无关。例如半经验方法，计算键长平均误差达到小数点后2位甚至1位（埃），但给出结果时一般仍列出两、三位，这是没有问题的，除非收敛限放得太宽。至于其结果准确不准确，可信不可信，那要靠读者根据经验自行判断。 |
14楼2010-03-20 23:06:00
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yjcmwgk(金币+5):感谢sob专家的指点，俺受教了 2010-03-23 13:33
yjcmwgk(金币+5):感谢sob专家的指点，俺受教了 2010-03-23 13:33
| 不管计算结果列出那么高精度有没有意义，但不能说他错，作者如实报道数据没有问题，因此而对作者发难我觉得不合适。列出多少位数据是在数值精度满足的前提下，根据文章研究内容而定，这没有约定俗成的规定。如果以方法在当前人们观念中的准确度为基准，这太含糊，主观性太强，而且有时代性因素，同一方法在前人和后人看来准确度也不同。AM1列出四位小数，我当年的导师发过的一篇关于抗冻蛋白的计算还恰好就这么做，虽然现在看来列出最后几位没什么意义，但我不认为他不知道半经验方法的局限性，他量化造诣极深。 |
16楼2010-03-22 23:15:05